1. Nâng cao khả năng kiểm soát của cơ quan hải quan nhưng vẫn duy trì được thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu thông qua việc xây dựng các cơ chế kiểm soát bằng phương thức điện tử. 2. Nâng cao mức độ tự động hóa của quy trình nghiệp vụ; Đồng thời thống nhất các quy trình nghiệp vụ hiện nay trong bài toán tổng thể.
3. Triển khai ứng dụng CNTT với các lĩnh vực hiện chưa thực hiện.
4. Tăng cường an ninh, an toàn cho các hệ thống công nghệ thông tin, trong đó đảm bảo an ninh, an toàn tuyệt đối cho hoạt động của hệ thống tại Trung tâm quản lý vận hành hệ thống công nghệ thông tin hải quan, thực hiện giám sát an ninh mạng một cách chuyên nghiệp, bài bản, liên tục; chủ động phát hiện các nguy cơ đối với hệ thống từ cả bên trong, tăng cường kiểm soát việc sử dụng các hệ thống công nghệ thông tin; đảm bảo việc khai thác thông tin theo đúng quy trình, giảm thiểu các rủi ro do tấn công mạng và truy cập trái phép các cơ sở dữ liệu nghiệp vụ trong phạm vi toàn ngành. 5. Xây dựng, bổ sung hệ thống công nghệ thông tin đáp ứng yêu cầu áp dụng phương thức điện tử trong thực hiện một số thủ tục, hoạt động quản lý hải quan mà Hệ thống VNACCS/VCIS hiện chưa triển khai như: xây dựng phân hệ quản lý hàng hóa tại cảng biển, xây dựng phân hệ quản lý hàng hóa đặc thù, xây dựng phân hệ quản lý hàng hóa lưu giữ tại các kho và khu vực ưu tiên, xây dựng phân hệ quản lý miễn, giảm, hoàn thuế.