Thực hiện đổi mới sang mô hình phát triển chiều sâu, cùng với các nhân tố TC, QL, khoa học công nghệ nhất thiết phải được tăng cường áp dụng vào hoạt động sản xuất – kinh doanh của tổ hợp Tập đoàn. Đối với các đơn vị đang hoạt động thì nâng cấp cải tiến cho phù hợp, đối với các dự án nhà máy mới thì áp dụng đồng bộ thiết bị, máy móc và công nghệ sản xuất ngay từ bước đầu tư xây dựng. Trong thời gia tới, hướng đầu tư đổi mới và áp dụng công nghệ như sau:
(1) Tập trung đổi mới, hoàn thiện công nghệ kỹ thuật sản xuất theo hướng tiếp cận công nghệ cao, công nghệ thân thiện môi trường để nâng cấp chất lượng sản phẩm, tăng sức cạnh tranh;
(2) Tạo bước đột phá về công nghệ để tiếp tục giữ vững vị trí hàng đầu trong ngành công nghiệp hóa chất, nâng cao uy tín thương hiệu đối với các sản phẩm của tổ hợp Tập đoàn, đặc biệt là các sản phẩm chủ lực thuộc ngành hàng kinh doanh chính của tổ hợp Tạp đoàn (phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, cao su, và các loại sản phẩm hóa chất cơ bản);
(3) Sử dụng máy móc thiết bị có hàm lượng khoa học cao, áp dụng công nghệ tiên tiến nhất cho các dự án đầu tư mới, đồng thời nâng cao năng lực vận hành và điều hành để khai thác triệt để công suất của công nghệ hiện đại, cải thiện các chỉ số hiệu suất, tăng hiệu quả kinh tế;
(4) Tiếp tục đầu tư chiều sâu, đổi mới công nghệ, nâng cao tiêu chuẩn công nghệ, tiến tới đồng bộ hóa công nghệ trong từng lĩnh vực tại các công ty thành viên có quan hệ liên kết với nhau để đồng thời ổn định chất lượng sản phẩm và giảm chi phí sản xuất;
(5) Nghiên cứu và ứng dụng công nghệ tuyển quặng apatít có chất lượng thấp (loại 2 và loại 4) để tận thu hết vùng nguyên liệu phục vụ sản xuất phân bón và các sản phẩm khác;
(6) Cân đối ngân sách và xác định các kế hoạch cụ thể cho đầu tư nghiên cứu phát triển và ứng dụng khoa học công nghệ vào sản xuất tại các công ty thành viên của tổ hợp Tập đoàn;
(7) Củng cố và phát triển các hoạt động nghiên cứu khoa học công nghệ tại các ĐVTV thuộc tổ hợp Tập đoàn trên cơ sở phát huy mọi nguồn lực, tiến tới làm chủ các công nghệ; đồng thời nắm bắt xu hướng phát triển công nghệ trên thế giới để thay đổi hợp lý các dây chuyền sản xuất công nghệ hiện đang sử dụng sản xuất các sản phẩm đặc thù của tổ hợp Tập đoàn;
(8) Củng cố và định hướng các hoạt động nghiên cứu (Viện Hóa học Công nghiệp Việt Nam) như: phát triển công nghệ, sản phẩm và nguyên liệu; tư vấn, nghiên cứu triển khai, chuyển giao công nghệ…;
(9) Hợp tác liên doanh với đối tác nước ngoài đối với các dự án về khai thác, sử dụng nguồn nguyên liệu hóa thạch nhằm bổ sung nguồn cung cấp nguyên liệu đầu vào cho sản xuất của tổ hợp Tập đoàn.
10) Quốc tế hóa việc thẩm định đối với các dự án đầu tư mới để bảo đảm đạt trình độ công nghệ kỹ thuật cao; đồng thời nâng cao chất lượng và uy tín của
tổ hợp Tập đoàn thông qua các phương thức như: Lựa chọn các tổ chức quốc tế, trong nước có uy tín tham gia các khâu trọng yếu của các giai đoạn tổ chức thực hiện dự án đầu tư; liên kết, liên doanh với các công ty có uy tín quốc tế trong việc mua sắm thiết bị, phụ kiện, nguyên liệu phù hợp; thuê chuyên gia quốc tế về công nghệ - kỹ thuật làm việc dài hạn cho các dự án đầu tư mới.
(11) Thực hiện tin học hóa hệ thống quản lý điều hành tổ hợp Tập đoàn theo định hướng: Lập dự án đầu tư tổng thể hệ thống tin học trong tổ hợp Tập đoàn, tích hợp khai thác, sử dụng các phần mềm quản lý hiện đại từ quản lý nhân sự, quản lý vật tư - kho tàng, quản lý các kênh phân phối, quản lý tài chính và hệ thống thông tin thị trường...; thực hiện sự phân cấp, quản lý bảo mật thông tin đối với các cấp lãnh đạo, quản lý điều hành của CTM và các CTC, tổ chức chức năng; nâng cao năng lực tư vấn, thiết kế, quản lý dự án của các ĐVTV cung cấp dịch vụ tư vấn.