Một trong những yếu tố cũng vô cùng quan trọng ảnh hưởng đến việc thực thi pháp luật về ĐKKD trên địa bàn Hà Nội chính là bộ máy quản lý về ĐKKD. Bộ máy được tổ chức tốt có tính quyết định đến việc thực thi pháp luật về ĐKDN và hoàn thành các nhiệm vụ được giao. Hai nhân tố cần được hết sức chú trọng là cách thức tổ chức và cơ chế hoạt động
Ngoài tổ chức tốt bộ máy quản lý hoạt động ĐKKD, cơ quan quản lý cũng cần hết sức chú ý đến cơ chế phối hợp giữa các cơ quan với nhau. Như chúng ta biết, hoạt động ĐKKD không thuần túy độc lập mà nó có mối liên quan đến các thủ tục khác của các quan khác. Đó là lí do của việc chú ý này. Cơ chế phối hợp được hiểu “là phương thức tổ chức hoạt động của các cơ quan, tổ chức lại với nhau để thực hiện các chức năng, nhiệm vụ được giao nhằm thực hiện mục tiêu chung” [49]. Vai trò của cơ chế phối hợp được thể hiện như sau:
Thứ nhất, cơ chế phối hợp tạo cơ sở cho việc thi hành luật cũng như các văn bản quy phạm pháp luật trong thực tế;
Thứ hai, cơ chế phối hợp góp phần nâng cao ý thức, sự tôn trọng pháp luật, qua đó góp phần phát triển kinh tế - xã hội và bảo đảm các quyền của doanh nghiệp;
Thứ ba, cơ chế phối hợp phát huy được các nguồn lực để tập trung và xử lý có hiệu quả những vấn đề khó khăn, phức tạp trong quản lý ĐKDN mà đối với một người, một cơ quan, tổ chức không thể giải quyết được.
Như vậy, việc nâng cao hiệu quả thực thi pháp luật về ĐKKD giúp hoàn thiện bộ máy quản lý để nó vận hành tốt đem lại hiệu quả thực thị.