Qua quá trình đánh giá và nghiên cứu về mô hình tổ chức của cơ quan đăng ký kinh doanh trên cơ sở thực tiễn Việt Nam và học hỏi kinh nghiệm quốc tế, tác giả xin được dẫn lại một mô hình tác giả thấy rằng có tính khả thi và có thể đem lại hiệu qủa đối với công cuộc thực thi pháp luật về ĐKKD, đó là mô hình một cơ quan đăng ký kinh doanh thống nhất của luật gia Cao Bá Khoát [32] như sau:
Trung ương có cục quản lý ĐKKD, ở cấp tỉnh có chi cục ĐKKD và ở cấp huyện có Phòng ĐKKD. Đây là hệ thống dọc, xuyên suốt, thống nhất cả về nghiệp vụ, kinh phí hoạt động lẫn tổ chức biên chế, nhân sự.
Cục quản lý ĐKKD về cơ bản có những quyền nghĩa vụ như đã được quy định tại Quyết định số 1899/QĐ-BKH ngày 08/11/2010 của Bộ KH&ĐT về Chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý ĐKKD [1] và có thể được bổ sung thêm một số chức năng mới để đóng vai trò là cơ quan đầu não của hệ thống ĐKKD. Nhiệm vụ quyền hạn biên chế tổ chức, của chi cục ĐKKD, của phòng ĐKKD được xây dựng dựa trên nhiệm vụ cụ thể của Cục ĐKKD. Cục có quyền điều động cán bộ cơ động giữa các Tỉnh, huyện thực hiện nhiệm vụ một cách linh hoạt. Các cán bộ ĐKKD được đào tạo để đạt trình độ Đăng ký viên độc lập chịu trách nhiệm trước pháp luật.
Phương án này có một số ưu điểm cơ bản sau đây:
Một là, thống nhất được công tác quản lý tổ chức, nhân sự và công tác quản lý về mặt chuyên môn vào một đầu mối là cơ quan ĐKKD ở trung ương, đảm bảo sự chỉ đạo tập trung thống nhất trong quá trình ĐKKD và trong việc giải quyết các vấn đề nghiệp vụ phát sinh trong ĐKKD, hướng dẫn điều kiện kinh doanh cho các doanh nghiệp kinh doanh những ngành nghề kinh doanh có điều kiện. Nâng cao tính chuyên nghiệp của cán bộ ĐKKD.
Hai là, tạo điều kiện thuận lợi để tiêu chuẩn hoá quy trình nghiệp vụ, tiêu chuẩn hoá cán bộ ĐKKD, từ đó tiến hành tin học hoá công tác ĐKKD, phấn đấu trong một thời gian nhất định nâng cơ quan ĐKKD của Việt Nam ngang tầm các
nước trong khu vực, có khả năng thực hiện việc bảo hộ tên doanh nghiệp trong toàn quốc, thực hiện ĐKKD qua mạng một cách rộng rãi.
Ba là, việc ĐKKD và thu hồi GCN được thực hiện tại một cơ quan độc lập, không chịu sự chỉ đạo ngang của các cơ quan có liên quan đến doanh nghiệp. Ví dụ: Bộ, UBND tỉnh ra quyết định thành lập công ty nhà nước, nếu sau khi cấp GCN mà công ty nhà nước vi phạm pháp luật thì cơ quan ĐKKD có toàn quyền thu hồi GCN ĐKKD mà không chịu bất kỳ sức ép nào từ phía cơ quan ra quyết định thành lập.
Bốn là tạo điều kiện cho cơ quan ĐKKD tham gia vào việc hỗ trợ các doanh nghiệp giải quyết các tranh chấp nội bộ.
Tuy nhiên, phương án này cũng có một số nhược điểm mà chủ yếu là việc triển khai thực hiện nó có thể gây ra một sự xáo động nhất định do việc chuyển cơ quan ĐKKD đang thuộc sở KH&ĐT sang hệ thống dọc. Việc chuyển đổi này cũng sẽ làm mất một thời gian nhất định vì cần có sự chuẩn bị toàn diện về mọi mặt nhất là về vấn đề nhân sự, kinh phí và tổ chức hoạt động mô hình tổ chức.