Thứ hất, Kế hoạch quản lý thuế đối với các doanh nghiệp NQD trên đ a bàn tỉnh còn mang tính thụ động, thiếu thông tin cần thiết và thiếu chiến lược quản lý dài hạn. Chưa có nhiều sự đổi mới trong quan điểm mới về quản lý thuế: doanh nghiệp là khách hàng, cơ quan thuế là ngươi phục vụ nên chưa đáp ứng được sự thoà mãn của các doanh nghiệp trọng hoạt động quản lý thuế.
Thứ ha , Công tác tuyên truyền hỗ trợ NNT đã đạt được nhiều kết quả tuy nhiên
công tác này mới phát triển về lượng, để nâng cao hơn n a hiệu quả của công tác tuyên truyền hỗ trợ thì cần phải phân loại đối tượng và tập trung vào nh ng đối tượng cần được truyên truyền hỗ trợ nhiều như các doanh nghiệp mới thành lập, các doanh nghiệp hoạt động đa ngành nghề, các doanh nghiệp hoạt động trên nhiều đ a bàn...
Thứ ba, Công tác kê khai kế toán thuế vẫn có nhiều doanh nghiệp ghi sai mã số thuế, nhầm tài khoản, tiểu mục trên giấy nộp tiền; việc nhận chứng từ qua kho bạc đôi khi không rõ tên người nộp thuế dẫn đến tình trạng phản ánh số tiền nộp của doanh nghiệp không chính xác; Việc phối hợp gi a các bộ phận để điều chỉnh chưa k p thời, vì vậy số nợ thuế do nhầm lẫn, sai sót vẫn còn nhiều.
Thứ tƣ, Chất lượng công tác quản lý nợ thuế còn nhiều bất cập, công tác quản lý nợ và cưỡng chế nợ thuế còn chưa thực sự quyết liệt, tỷ lệ nợ đọng thuế còn cao : Tổng nợ đọng thuế GTGT của các DN NQD năm 2017 là 144.418 triệu đồng cao hơn so với năm 2016 là 16.06% trong đó nợ khó thu tăng nhanh năm 2017 cao hơn so với năm 2016 là 41,25% điều đó cho thấy công tác đối chiếu xác nhận nợ còn chưa k p thời, đặc biệt công tác theo dõi nợ doanh nghiệp còn chưa sát sao, việc xử lý và điều chỉnh còn chậm. Mặt khác do một số đối tượng nộp thuế cố tình chây ỳ chưa muốn thanh toán hoặc các cơ sở kinh doanh chuyển đỉa điểm kinh doanh từ nơi này sang nơi khác mà không tự giác khai báo với cục thuế, khi cục thuế gửi công văn xuống thì cơ sở kinh doanh đã chuyển đ a chỉ, liên hệ qua điện thoại thì
không nghe máy hoặc không hợp tác để nộp thuế nên gây ra số thuế còn nợ đọng cao, không thu hồi được.
Thứ năm, Trong công tác lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện nhiệm vụ thu ngân sách một số đơn v có lúc, có khi chưa thật sự chủ động tham mưu k p thời với cấp uỷ, chính quyền biện pháp quản lý để khai thác tốt nguồn thu nên việc quản lý nguồn thu chưa k p thời, làm ảnh hưởng đến thực hiện nhiệm vụ chính tr thu ngân sách trên đ a bàn.
Thứ s u, Các kế hoạch kiểm tra, giám sát chưa tạo ra sự đổi mới, chất lượng công tác kiểm tra chưa hiệu quả, sâu sát; Việc chấp hành quy trình kiểm tra còn chưa thực sự nghiêm túc, thời gian kiểm tra còn để kéo dài, chưa có giải pháp, biện pháp xử lý dứt điểm; Xây dựng kế hoạch kiểm tra còn mang tính hình thức, chủ yếu phụ thuộc vào kinh nghiệm của cán bộ đảm nhiệm công tác xây dựng kế hoạch. Hơn n a, do trình độ của cán bộ kiểm tra không đồng đều, nên việc lập kế hoạch kiểm tra chưa thực sự sát đúng với khả năng thực hiện của cơ quan thuế. Công tác phối, kết hợp, kiểm tra, giám sát lẫn nhau gi a các bộ phận chưa được thực hiện thường xuyên đã ảnh hưởng đến hiệu quả công tác quản lý thuế theo chức năng.