1. Phương pháp tính thuế giá trị gia tăng.
Các văn bản về thuế giá trị gia tăng ở nước ta đưa ra hai phương pháp tính thuế là phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với các doanh nghiệp được thành lập và hoạt động theo Luật doanh nghiệp nhà nước, luật đầu tư nước ngoài, luật công ty, luật hợp tác xã và những hộ kinh doanh lớn, chấp hành tốt chế độ kế toán, chứng từ. Tương ứng với hai phương pháp tính thuế là hai loại hoá đơn giá trị gia tăng và hoá đơn bán hàng thông thường. Qua thời gian thực hiện thuế giá trị gia tăng cho thấy, sử dụng hai phương pháp tính thuế gây ra nhiều bất cập trong việc khấu trừ thuế đầu vào. Mặt khác, để quản lý cơ sở áp dụng phương pháp tính trực tiếp phải huy động gần một nửa số cán bộ thuế với chi phí tương ứng nhưng thu cho ngân sách nhà nước chỉ chiếm gần 19% trong tổng thuế giá trị gia tăng. Do đó chúng ta phải có một biện pháp để hoàn thiện phương pháp tính thuế hơn.
2. Thuế suất thuế giá trị gia tăng.
Chuyển từ 11 mức thuế suất thuế doanh thu xuống còn 4 mức thuế suất thuế giá trị gia tăng là bước đệm để tiến tới chỉ sử dụng hai mức thuế suất (trong đó, thuế suất 0% áp dụng đối vói hàng hoá xuất khẩu). Với 4 mức thuế suất như hiện nay, nghành thuế liên tục nhận được đơn xin giảm thuế và đã điều chỉnh giảm thuế đối với nhiều nhóm hàng. Nhưng điều chỉnh giảm thuế tạo ra những phản ứng dây truyền, lan rộng, gây nhiều tiêu cực.
3. Về hoàn thuế giá trị gia tăng.
Theo quy định của luật thuế giá trị gia tăng và các văn bản dưới luật đối với hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định lớn được khấu trừ như đối với vật tư hàng hoá khác, nhưng số thuế đầu vào của tài sản cố định lớn được khấu trừ dần trong 3 tháng mà số thuế đầu vào được khấu trừ hết thì doanh nghiệp lập thủ tục yêu cầu cơ quan thuế hoàn thuế. Giải pháp xử lý này đảm bảo tính trung lập của thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động đầu tư, tiết kiệm chi phí quản lý, không phải theo dõi khấu trừ thuế đồng thời giảm gánh nặng cho ngân sách nhà nước. Nếu doanh nghiệp đầu tư tài sản cố định với giá đại lớn sẽ gặp khó khăn rất lớn vì phải đi vay để nộp thuế giá trị gia tăng đầu
vào và trả lãi vay. Như vậy, chi phí của doanh nghiệp tăng, hiệu quả kinh doanh giảm. Đây cũng là một vấn đề bất cập mà cần phải có giải pháp xử lý để giảm bớt khó khăn cho doanh nghiệp.
4. Về khấu trừ thuế giá trị gia tăng:
Vấn đề đặt ra trong khấu trừ là: Có nhiều tỷ lệ khấu trừ khác nhau nên rất phức tạp trong quá trình thực hiện. Hoá đơn chứng từ không rõ ràng như đối với hàng nông, lâm, hải sản không cần hoá đơn, chỉ cần bản kê dẫn tới cơ sở sản xuất mua của người kinh doanh buôn chuyến, người thu gom, nhưng doanh nghiệp không lấy hoá đơn bán hàng tạo khe hở để người kinh doanh buôn chuyến, người thu gom trốn thuế. Các doanh nghiệp mua nông, lâm, hải sản, sau đó chế biến bán hàng trong nước thì được khấu trừ thuế, nhưng nếu xuất khẩu thì không được trừ thuế đầu vào.
5. Về quản lý, sử dụng hoá đơn, chứng từ :
Trong quản lý và sử dụng hóa đơn, chứng từ đã pháp sinh những tồn tại, vướng mắc sau: In và sử dụng hoá đơn bất hợp pháp ( hoá đơn không theo quy định của luật thuế, hoá đơn thật nhưng ký hiệu và mã số trên hoá đơn là giả, hoá đơn ghi tổng giá trị hàng hoá không khớp giữa các liên …); Buôn bán hoá đơn thật và hoá đơn giả; Xuất hoá đơn khống tạo điều kiện cho đơn vị khác trốn thuế; Bán hàng xuất hoá đơn nhưng không kế khai nộp thuế; Báo mất hoá đơn nhưng thực chất là bán hoặc sử dụng hoá đơn của đơn vị khác báo cáo.
Chương III
Hướng giải quyết những vướng mắc của luật thuế giá trị gia tăng trong các ngành nói chung và Thương mại dịch vụ nói riêng.