Cỏc quy định phỏp lý về đấu thầu trong xõy lắp đó mang lại cho Cụng ty khụng ớt những thuận lợi trong cụng tỏc đấu thầu đồng thời cũng tạo ra trong cụng ty khụng ớt những thỏch thức.
Thứ nhất, khú khăn lớn nhất của cụng ty là thi cụng cỏc cụng trỡnh trọng điểm Quốc gia đũi hỏi tiến độ phải nhanh, qui mụ năng lực phải lớn. Là cụng ty mới ra đời, cụng ty luụn phải bổ sung thiết bị để đạt được cỏc yờu cầu trờn. Trong năm 2006, cụng ty đó phải đầu tư, bổ sung thờm gần 28 tỷ đồng vào mỏy múc thiết bị. Nguồn vốn kinh doanh cũn rất thiếu (Vốn phỏp định là 6,5 tỷ cho 184 tỷ sản lượng – năm 2006 là quỏ nhỏ bộ). Tiềm lực tài chớnh vẫn cũn mỏng và hạn chế, chưa đỏp ứng được yờu cầu phỏt triển của cụng ty. Doanh nghiệp phải đi vay ngõn hàng một lượng vốn lớn. Điều này làm cho chi phớ cho hoạt động tài chớnh rất cao, ảnh hưởng khụng ớt đến việc nắm bắt cơ hội kinh doanh trờn thị trường.
Thứ hai, đa số cụng trỡnh thi cụng theo cơ chế chỉ định thầu, theo quyết định số 797/400 CP- BCN nờn hầu hết cỏc cụng trỡnh đều chưa cú tổng dự toỏn được duyệt, tỷ lệ thanh toỏn, đơn giỏ ỏp dụng để thanh toỏn thấp, cỏc khõu kiểm soỏt, thiết kế, phờ duyệt đều chậm. Cỏc chủ đầu tư chưa cú cơ chế thanh toỏn cho cỏc đơn vị thi cụng., gõy mất cõn đối về tài chớnh cho cụng ty.
Thứ ba, Lạm phỏt tăng cao, mức giỏ cả vật tư, nhiờn liệu của thị trường liờn tục biến động, ảnh hưởng tới giỏ thành sản xuất, trong khi giỏ cả đầu vào khụng được điều chỉnh hoặc chậm thanh toỏn, ảnh hưởng khụng nhỏ tới lợi nhuận của cụng ty.
Thứ tư, cựng một lỳc phải triển khai nhiều cụng trỡnh trọng điểm với giỏ trị, khối lượng lớn, tiến độ và cường độ rất căng thẳng. Vỡ phỏt triển rất núng, nờn mụ hỡnh quản lý của cụng ty chưa kịp “update”, dẫn đến khú khăn trong quỏ trỡnh triển khai hoạt động SXKD của cụng ty. Ngoài ra, do vị trớ ở xa văn phũng nờn việc đi lại, thụng tin, quản lý khú khăn.
Thứ năm, trong qui định của Luật đấu thầu mới hiện nay, thỡ cú nhiều chủ đầu tư khụng phải là tổ chức cú chuyờn mụn cao trong lĩnh vực xõy dựng nhưng khụng bắt buộc phải thuờ đơn vị tư vấn tổ chức đấu thầu nờn nhiều khi gõy ra những khú khăn khụng nhỏ cho cỏc Nhà thầu tham gia đấu thầu, nhiều cụng trỡnh cụng ty tham gia đấu thầu đó gặp phải trường hợp trờn.
Vớ dụ khi Ủy ban nhõn dõn xó là chủ đầu tư của một cụng trỡnh thủy lợi thỡ cỏn bộ của Ủy ban nhõn dõn xó chưa cú kinh nghiệm và nắm rừ quy định của Luật đấu thầu cũng như cỏc đặc tớnh kỹ thuật biện phỏp thi cụng của cụng trỡnh xõy lắp nờn dẫn đến khi tổ chức đấu thầu và xột thầu thỡ Nhà thầu thường phải trỡnh rất nhiều, cỏc tiờu chớ điều kiện nhiều khi thừa nhưng lại thiếu…
Thứ sỏu, cũn cú một số nguyờn nhõn khỏch quan như: Điều kiện thời tớờt thay đổi thất thường, mựa mưa kộo dài ở Tõy Nguyờn, bóo lũ bất chợt, ảnh hưởng đến cụng tỏc thi cụng. Cú thể lấy vớ dụ như tại dự ỏn Buụn Tua Srah, hoạt động thi cụng phải ngừng trệ từ thỏng 1- thỏng 3 vỡ mưa lớn, hay trong quỏ trỡnh thi cụng dự ỏn BuụnKuụp cú gặp phải sự cố lớn về địa chất khiến cụng ty phải xử lý sự cố trong nhiều thỏng. Trong thời gian đú, sản lượng của cụng ty khụng cú, nhưng cụng ty vẫn phải chịu khấu hao mỏy múc thiết bị.