Một cơ cấu tổ chức hợp lý sẽ bảo đảm cho các hoạt động của Công ty được thông suốt và có hiệu quả, có khả năng ngăn ngừa các vi phạm, loại bỏ những hoạt động không phù hợp có thể dẫn đến sai sót, gian lận. Do vậy, cơ cấu tổ chức của đơn vị sẽ có ảnh hưởng rất lớn đến các chính sách cũng như các thủ tục kiểm soát trong đơn vị. Một trong những mảng kinh doanh quan trọng chiếm một tỷ trọng lớn trong tổng doanh thu của Công ty là việc tham gia các gói thầu thuộc các dự án, công trình liên quan đến lĩnh vực xây dựng công trình giao thông. Do vậy việc quản lý, kiểm soát các gói thầu này cần được tập trung về một đầu mối bằng việc lập thêm một phòng Dự án và Đấu thầu hoặc là một bộ phận Dự án và Đấu thầu thuộc phòng Kinh tế kế hoạch. Chức năng và nhiệm vụ
của bộ phận này là quản lý các dự án, các gói thầu mà Công ty có tham gia từ khâu chuẩn bị hồ sơ dự thầu, triển khai xây dựng các chỉ tiêu kế hoạch, dự toán và triển khai thực hiện khi Công ty trúng thầu, thực hiện thanh quyết toán công trình nhằm tránh tình trạng phân tán như hiện nay làm ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện công việc và tình hình sản xuất kinh doanh của Công ty.
Bên cạnh đó, Công ty cần tiến hành rà soát theo định kỳ và xây dựng quy chế về quản lý nhằm cụ thể hóa chức năng, nhiệm vụ của từng đơn vị trực thuộc Công ty, tránh tình trạng chồng chéo về chức năng, nhiệm vụ, gây lãng phí nhân lực, tốn kém thời gian và tính ỷ lại, thiếu trách nhiệm trong công việc có liên quan đến phạm vi xử lý của nhiều phòng ban, tổ đội khác nhau trong nội bộ Công ty.
Tăng cường công tác đào tạo, bồi dưỡng, nâng cao năng lực cho cán bộ công nhân viên trong Công ty. Việc rà soát năng lực quản lý của đội ngũ lãnh đạo các phòng ban, tổ đội trong Công ty cần được thực hiện thường xuyên và có kế hoạch triển khai cụ thể, nhằm mục đích đào tạo nâng cao năng lực quản lý, năng lực chuyên môn hoặc chuyển công tác sang những bộ phận phù hợp hơn. Đối với các cán bộ kỹ thuật phải không ngừng học tập, tìm hiểu nâng cao trình độ chuyên môn, cập nhật kiến thức mới nhất về xây dựng cơ bản tránh bị lạc hậu với tình hình phát triển mạnh mẽ trong lĩnh vực xây dựng cơ bản ngày nay.
Xây dựng môi trường làm việc bình đẳng, công bằng, tạo cơ hội như nhau cho tất cả cán bộ công nhân viên trong Công ty nhằm khuyến khích phát huy tính sáng tạo, cải tiến kỹ thuật, nâng cao năng suất lao động mang lại những lợi ích, hiệu quả trong họat động sản xuất kinh doanh của Công ty. Ngoài ra Công ty cần thực hiện tốt chính sách khen thưởng đối với cá nhân, tập thể đơn vị trong Công ty có thành tích lao động xuất sắc, tạo ra động lực, nỗ lực cố gắng để hoàn thành
nhiệm vụ, mang lại hiệu quả kinh tế cao cho Công ty; đồng thời cũng phải xử lý nghiêm những trường hợp sai trái gây tổn thất cho Công ty.