Trong những năm gần đõy Indonesia đó tự do hoỏ chế độ mậu dịch và thực hiện một số bước quan trọng để giảm bớt sự bảo hộ. Từ năm 1996 chớnh phủ Indonesia đó thực hiện hàng loạt chương trỡnh tự do nhằm giảm thuế, đơn giản hoỏ cỏc thủ tục thuế, xoỏ bỏ những hạn chế, xoỏ bỏ cỏc hàng rào phi thuế quan với mức thuế thụng thoỏng hơn để khuyến khớch đầu tư tư nhõn trong và ngoài nước.
- Hàng rào mậu dịch: mặc dự khủng hoảng kinh tế trầm trọng trong những năm qua, Indonesia vẫn duy trỡ chớnh sỏch tự do hoỏ thuế dần dần trong thời gian lõu dài. Indonesia ỏp dụng mức thuế từ 5 % đến 30% với hầu hết cỏc mặt hàng.
Thuế đặc biệt 170 % ỏp dụng với cỏc loại rượu mạnh. Chớnh sỏch tự do hoỏ thương mại được củng cố bởi cỏc chương trỡnh cam kết với IMF, trong đú Indonesia cam kết thực hiện cơ cấu thuế 0,5% đến 10% đối với sản phẩm nhập khẩu trừ xe cú động cơ và đồ uống cú cồn. Indonesia đó cam kết xúa bỏ mọi hàng rào phi thuế quan, trừ những gỡ liờn quan đến lớ do an toàn và sức khoẻ vào cuối năm 2001.
Thuế nhập khẩu ụtụ được giảm vào thỏng 6/1999 cũn 25-80% tuỳ theo loại động cơ, 0-45% đối với xe tải, 25-60% đối với phụ tựng xe gắn mỏy và tối đa là 15% với phụ tựng ụtụ. Tiến trỡnh tự do hoỏ thuế quan hơn nữa theo hiệp định tự do mậu dịch ASEAN ( AFTA) sẽ được Indonesia theo kế hoạch, tức là tự do mậu dịch hầu hết cỏc mặt hàng vào năm 2003. Indonesia đó thực hiện giai đoạn đầu của chương trỡnh giảm thuế AFTA từ thỏng 1/2001
Chớnh sỏch tự do hoỏ mậu dịch dài hạn của Indonesia đó gặp phải một số trở ngại. Trong năm 2001 nhiều người đó tranh thủ lỳc chớnh trị lộn xộn để thiết lập lại cỏc ưu đói mậu dịch đặc biệt như trước đõy nhất là trong lĩnh vực nụng nghiệp. Hiện vẫn cũn khoảng cỏch lớn giữa giấy tờ và thực tế. Mức thuế nhập khẩu hiện nay đối với hàng nụng sản ở Indonesia là 18 %.
Những hàng rào mậu dịch, dịch vụ vẫn cũn tồn tại ở nhiều lĩnh vực. Mặc dự chớnh phủ Indonesia đó nới lỏng những hạn chế trong lĩnh vực tài chớnh, cỏc cụng ty luật, cụng ty kiểm toỏn và tư vấn nước ngoài phải hoạt động dưới sự hỗ trợ kĩ thuật hoặc liờn doanh với cỏc cụng ty trong nước.
Indonesia đó tự do hoỏ hệ thống phõn phối bao gồm bói bỏ một số hạn chế đối với mậu dịch trờn thị trường trong nước. Vớ dụ: hạn chế đối với cỏc mặt hàng ximăng, giấy, gia vị và gỗ dón đó được xoỏ bỏ từ thỏng 2/1998, Indonesia đó mở cửa lĩnh vực bỏn buụn và bỏn lẻ trờn quy mụ lớn cho đầu tư nước ngoài.
- Định giỏ hải quan: Từ thỏng 4 năm 1997, phũng Hải quan của Bộ Tài Chớnh Indonesia đó ỏp dụng hệ thống kiểm toỏn sau thay cho kiểm tra. Hệ thống trao đổi
dữ liệu điện tử cho phộp cỏc nhà nhập khẩu, cỏc ngõn hàng và bờn hải quan làm việc với nhau qua mạng mỏy tớnh. Indonesia đó kớ hiệp ước định giỏ hải quan WTO, song cỏc cụng ty Mỹ đang kinh doanh ở Indonesia vẫn cũn phàn nàn về những thủ tục và định giỏ hải quan của ngành Hải quan Indonesia.
- Cho phộp và hạn chế nhập khẩu: theo quy định sau Tổng cục hải quan, những mặt hàng sau bị hạn chế nhập khẩu và cấp giấy phộp và/ hoặc bị cấm: chất gõy nghiện, chất gõy nổ, vũ khớ và đạn dược, phỏo hoa, một số sỏch và ấn phẩm, thiết bị và linh kiện tivi màu, động vật hoang dó nguy hiểm và cỏc sản phẩm, một số loại cỏ, dược phẩm và đồ uống chưa đăng kớ tại Bộ Y tế, vật liệu gõy nguy hiểm, thuốc trừ sõu và hàng hoỏ cú giỏ trị văn hoỏ. Hạn chế nhập khẩu và quy chế cấp phộp đặc biệt ỏp dụng cho một số mặt hàng cụ thể khỏc như đồ uống cú cồn, cụng cụ cầm tay, chất ngọt nhõn tạo, động cơ và mỏy bơm, mỏy kộo, gạo……tiếp tục được ỏp dụng. Chớnh phủ kiểm soỏt việc nhập khẩu băng video, đĩa laser, cỏc sản phẩm phục vụ giải trớ khỏc vỡ cả mục đớch triển lóm cũng như sử dụng cỏ nhõn. - Kiểm soỏt xuất khẩu: giống như chế độ thuế nhập khẩu, kiểm soỏt xuất khẩu đang là vấn đề được chớnh phủ Indonesia xem xột cải cỏch theo yờu cầu của IMF.
Nhiều hạn chế và thuế đặt ra đối với nụng sản xuất khẩu ( bao gồm những sản phẩm cõy trồng chớnh như cao su, dầu cọ, cà phờ và cơm dừa) vẫn cũn hiệu lực. Hạn chế và kiểm soỏt xuất khẩu cũn được chớnh phủ ỏp dụng với một số loại thực phẩm, chủ yế là dầu cọ thụ đang chịu mức thuế xuất là 5% - để đảm bảo đủ cung trong nước và ổn định giỏ những sản phẩm này.
- Quy chế về hồ sơ nhập khẩu: Chớnh phủ quy định cần cú cỏc giấy tờ sau đối với hầu hết cỏc mặt hàng nhập khẩu: hoỏ đơn chiếu lệ, hoỏ đơn thương mại, giấy xỏc nhận xuất xứ, hoỏ đơn thương mại, giấy xỏc nhận xuất xứ, hoỏ đơn xếp hàng lờn tàu, giấy bảo hiểm, cỏc giấy tờ đặc biệt. Theo luật của Hải quan Indonesia cú hiệu lực từ thỏng 4/1997, cỏc nhà nhập khẩu phải đăng kớ ở cơ quan Hải quan trong
giai đoạn đầu bằng cỏch đệ trỡnh hồ sơ nhập khẩu qua đĩa mềm mỏy tớnh. Việc kiểm tra của Hải quan đối với hàng nhập khẩu cú thể được tiến hành sau khi hàng đó được nhập vào kho người nhập khẩu. Thụng thường, người nhập khẩu đụn đốc quỏ trỡnh này.
- Khu vực tự do mậu dịch tạm thời và việc nhập khẩu tạm thời: Chớnh phủ khuyến khớch cỏc nhà đầu tư nước ngoài tham gia vào cỏc khu chế xuất (EPZ). Indonesia cũng cú một số khu vực dành làm cho sản xuất hàng xuất khẩu (EPTE) như khu tự do mậu dịch ở gần Tanjung và kho hải quan ở Cakung (gần Jakarta). Những nhà sản xuất thuộc cỏc khu vực khuyến khớch đầu tư này được bỏn 15% sản phẩm của mỡnh ra thị trường trong nước. Cỏc nhà đầu tư trong và ngoài nước muốn lập dự ỏn ở cỏc khu này phải đề nghị lờn Uỷ ban hợp tỏc đầu tư quốc gia.
- Quy chế nhón mỏc: Thực phẩm bắt buộc phải dỏn nhón mỏc ghi rừ ngày hết hạn bằng tiếng Indonesia . Ngoài ra, nhón mỏc cũn phải ghi rừ thụng tin về chế biến.
Trước đõy, Indonesia hạn chế nhập khẩu những loại dược phẩm sản xuất trong nước với cụng nghệ cao, kể từ 3/1993, Indonesia cũng nới lỏng cỏc quy chế về đăng kớ dược phẩm và cỏc cụng ty dược nước ngoài được đăng kớ sản phẩm mới ở bộ Y tế. Từ thỏng 7/ 2000, ỏp dụng những quy chế mới gúp phần làm giảm bớt một số trở ngại trong việc đăng kớ sản phẩm mới.