Phong cách, nội dung và tổ chức của Website dạy học phải đợc thiết kế phù hợp với trình độ tin học của giáo viên và học sinh. Giao diện của các site trong Website dạy học cần loại bỏ các chi tiết rờm rà, thiếu chọn lọc và kém hiệu quả. Duy trì hệ thống chức năng và trực quan trong tổ chức site, thiết kế đồ hoạ và bố trí trang rất quan trọng trong việc thuyết phục ngời sử dụng rằng Website dạy học sẽ đa đến cho họ những thông tin kiến thức chính xác, hữu ích và kịp thời.
Website dạy học phải phù hợp với chức năng dạy học mà nó đảm nhận. Tốt nhất trên Website nên có phần hớng dẫn, gợi ý cách thức sử dụng vào dạy học để giáo viên và học sinh dễ dàng tham khảo mỗi khi gặp trở ngại trong quá trình sử dụng. Một phơng pháp thiết kế trang cẩn thận, hệ thống có thể làm đơn giản hoá việc điều hớng, giảm lỗi sử dụng và giúp ngời sử dụng khai thác dễ dàng hơn lợi thế thông tin và các tính năng của từng site trong Website dạy học.
Việc thiết kế Website dạy học cần chú ý nhu cầu truy cập thông tin trực tiếp của ngời dùng, mong muốn nhận thông tin qua càng ít bớc càng tốt. Điều này có nghĩa là phải thiết kế hệ thống tổ chức và phân cấp thông tin hiệu quả để tối thiểu hoá các bớc thông qua trang menu liên kết hoặc bảng mục lục của site.
Tính nhất quán về phơng pháp trình bày và điều hớng giữa các site trong Website dạy học cho phép ngời sử dụng thích ứng nhanh chóng với thiết kế. Sự thống nhất xuyên suốt các trang trong site sẽ tạo cho site một đặc điểm nhận dạng riêng, tính năng của từng site trong Website dạy học sẽ dễ nhớ và dễ phân biệt. Một site có cấu trúc hợp lý sẽ đem đến cho ngời sử dụng cái nhìn tổng quan về tổ chức, độ lớn và nguồn ngạch của thông tin kiến thức đợc trình bày. Một Website dạy học đợc thiết kế hoàn hảo bao giờ cũng cung cấp những kết nối trực tiếp với ngời sử dụng để thu nhận những phản hồi và đối thoại. Đây là thế mạnh của Website dạy học cần phải khai thác để hiệu chỉnh và hoàn thiện.