Chợ điện tử chưa kiểm soát được toàn bộ quá trình giao dịch giữa người mua- người bán do Chợ điện tử chỉ đóng vai trò là nhà trung gian tạo ra môi trường thuận lợi cho người mua và người bán, Chợ điện tử chỉ đảm nhiệm một số công việc như sau:
- Cập nhật quảng cáo. - Cập nhật thông báo chung.
- Cập nhật các thành viên có số lần mua hàng cao để lọt vào Top. - Giải quyết các vấn đề phát sinh khi có yêu cầu.
- Tổ chức các chương trình trò chơi trúng thưởng, tính điểm tích luỹ để trao thưởng cho khách hàng.
Chủ các gian hàng phải tự có trách nhiệm trong việc tiếp nhận đơn hàng, xử lý, thực hiện đơn hàng và tiếp nhận thanh toán từ khách hàng. Vì vậy, Chợ điện tử không kiểm soát được kết quả của các giao dịch diễn ra giữa các gian hàng và khách hàng nên không thể đánh giá được chất lượng và uy tín của chủ các gian hàng. Trong khi đó, uy tín của từng gian hàng lại ảnh hưởng đến uy tín chung của cả doanh nghiệp. Nếu như các gian hàng không đáp ứng được nhu cầu của khách hàng, gây ra những chậm trễ hay thiếu chuyên nghiệp trong công tác phục vụ khách hàng thì khách hàng sẽ không còn tin tưởng và tìm đến với Chợ điện tử nữa.
Về các gian hàng trên Chợ điện tử, người mua hàng không biết rõ ràng về gian hàng đó uy tín hay chưa. Đồng thời, họ cũng không biết rõ một số ý kiến của những người mua khác về cùng một gian hàng với người mua khi họ đã mua trước.
Một số sản phẩm mà DN, cá nhân muốn khuyến mại, chiết khấu giảm giá cho khách hàng để nhằm thu hút khách hàng đến với DN mình thì Chợ điện tử lại chưa có chức năng tích hợp icon vào hình ảnh từng sản phẩm trên Chợ.
Có rất nhiều sản phẩm mà chưa hỗ trợ người mua do kích thước lớn hoặc giá trị cao. Ví dụ như với các mặt hàng có giá trị lớn hơn 2000$ thì khách hàng không thể mua được sản phẩm đó.
Tính thẩm mỹ giao diện của Chợ điện tử chưa được đánh giá cao, chưa đủ để hấp dẫn và thu hút khách hàng. Khi truy cập vào website ta có thể nhận thấy website được thiết kế khá phức tạp . Giao diện chung của mỗi gian hàng còn có bất cập là các sản phẩm liên quan với các sản phẩm đang xem lại đặt ở phía bên dưới tay trái người sử dụng, như vậy, người sử dụng muốn so sánh sản phẩm đang xem với một sản phẩm khác cùng chủng loại sẽ khó khăn trong việc so sánh hình ảnh giữa các sản phẩm.
Nhiều sản phẩm khách hàng đã đặt mua và thanh toán thành công trên Chợ điện tử lại từ chối giao dịch do các quy định, luật pháp ở Việt Nam thường xuyên thay đổi.
Hiện tại Chợ điện tử mới chỉ hỗ trợ khách hàng mua hàng trong giờ hành chính vì chưa có đủ nhân sự trực làm việc 24/24hnên sẽ hạn chế việc đáp ứng nhu cầu cần tư vấn của khách hàng.