Phát triển DLST cần đặc biệt chú trọng đén công tác bảo tồn, trong đó việc phân ra các phân khu chức năng bảo tồn là việc rất cần thiết. Cụ thể ở VQG Pù Mát có thể phân thành các khu sau:
- Khu vực bảo vệ nghiêm ngặt: đây là nơi động thực vật của Vƣờn đƣợc bảo vệ nghiêm ngặt. Hiện đã có một phân khu ở khu vực Khe Bống nhằm bảo vệ quần thể Sao La còn sót lại và một phân khu ở phía Bắc VQG bảo vệ quần thể Bò Tót và Mang Lớn Trƣờng Sơn. Phân khu này chỉ cho phép các hoạt động nghiên cứu, DLST hạn chế với những điều kiện và quy định của Ban quản lý.
- Phân khu phục hồi sinh thái: Phân khu này là hành lang cho phân khu bảo vệ đặc biệt và phục hồi độ che phủ của rừng, của hệ động thực vật; phục hồi và tái sinh thảm thực vật. Đây là phân khu có độ nhạy cảm cao và thƣờng xuyên bị tác động bởi các hoạt động của dân cƣ địa phƣơng, do vậy hoạt động DLST cũng cần đƣợc đảm bảo các yêu cầu về bảo tồn. Cần huy động sự tham gia của cộng đồng địa phƣơng vào hoạt động quản lý, bảo vệ và tái sinh hệ sinh thái ở đây.
- Phân khu du lịch: Khu vực trụ sở VQG, Thác Kèm, Đập Phà Lài-Sông Giăng... và một số nơi có cảnh quan đẹp cần có kế hoạch đầu tƣ phát triển thành
phân khu du lịch. Tuy nhiên, cần chú ý tới giá trị nguồn gen và đa dạng sinh học của khu vực này. Những quy định đối với khách du lịch và các cơ sở dịch vụ du lịch trong khu vực này:
+ Các hoạt động du lịch không đƣợc làm ảnh hƣởng tiêu cực tới môi trƣờng tự nhiên, trong bất cứ trƣờng hợp nào nhu cầu của khách du lịch sẽ không đƣợc ƣu tiên hơn nhu cầu bảo tồn môi trƣờng.
+ Tất cả các hoạt động phát triển du lịch, nhất là phát triển cơ sở hạ tầng dịch vụ du lịch nhƣ cầu, đƣờng, nhà hàng, khách sạn, khu vui chơi giải trí... phải đảm bảo an toàn môi trƣờng.
- Phân khu dân cƣ: gồm những khu vực trong VQG và vùng đệm nơi ngƣời dân đang ở, kể cả diện tích đất nông nghiệp. Khu vực này cần cấm các hoạt động khai thác không bền vững bất cứ sản phẩm nào, nghiêm cấm hoạt động khai thác gỗ và săn bắt động vật hoang dã. Sự tham gia của ngƣời dân địa phƣơng vào hoạt động du lịch cần phải có trách nhiệm và ý thức bảo vệ môi trƣờng, cảnh quan của VQG.