Trừ nước có mặt trong sản phẩm bia hay trong các sản phẩm phụ và lượng nước đã bay hơi, phần nước còn lại cuối cùng được coi là nước thải. Nước thải trong nhà máy bia bao gồm:
− Bã bia và bã dịch đường. − Nước rửa thiết bị
− Nước thải chứa cặn − Nước thải chứa bã men
− Nước thải từ hệ thống CIP
− Xút và axit thải ra từ hệ thống CIP − Nước thải rửa bột trợ lọc
− Nước tráng hóa chất rửa
− Nước thải trong phân xưởng chiết
Một số thành phần trong nước thải có tác hại tới môi trường: Trong nước thải có một số thành phần khi đưa ra ngoài, sẽ có tác động đáng kể đối với môi trường xung quanh.
− Các chất có thể oxy hóa: những chất này có thể bị chuyển hóa nếu có mặt O2. Nếu những chất này không qua xử lý mà đi thẳng vào hệ thống thoát nước, trong trường hợp không được thông khí đầy đủ, chúng có thể oxy hóa một phần và gây thối rữa và tạo mùi hôi thối, đồng thời tiêu diệt các vi sinh vật có mặt trong môi trường nước. Tổng số các chất có thể oxy hóa được thể hiện bằng giá trị COD (lượng oxy yêu cầu cho phản ứng hóa học) tính bằng mg O2/l hoặc giá trị BOD5 (lượng O2 yêu cầu cho quá trình hóa sinh) đơn vị mg O2/l.
− Photpho dưới dạng photphat: hợp chất photpho cùng với nitơ bậc cao kích thích cho sự phát triển của tảo trên mặt nước, cũng được cọi là chất có hại cho môi trường. Do đó, trong những năm gần đây, các nhà công nghệ đang cố gắng chuyển sang sử dụng các chất làm sạch không chứa photpho.
− Nitơ dưới dạng nitrat: ảnh hưởng của nitrat tới môi trường đã thu hút nhiều sự quan tâm. Sự thẩm thấu nitrat vào nước ngầm làm tăng sự ô nhiễm của đất. Trong khi đó, ở các nhà máy bia, axit nitric được sử dụng trong hệ thống CIP để hòa tan cặn.
− Hợp chất halogen hữu cơ (Adsorbable organically bound halogens − ADN): trong sản xuất bia, các hợp chất clo được sử dụng trong công đoạn tẩy trắng, sát trắng.
− Muối của kim loại nặng như: Hg, Pb, Cd, Cr, AOX và các dẫn xuất halogen của hydratcacbon là những chất nguy hiểm bởi vì chúng gây hại rất lớn cho sức khỏe.
− Axit, dung dịch kiềm, những chất làm sạch và những chất khử trùng cùng với thành phần dầu gia nhiệt cũng được coi là những chất có hại cho môi trường và con người.