- Địa hình huyện Yên Châu khá đa dạng, hình thành các vùng đất có đặc tính khác nhau, tạo nên sự đa dạng về các loại cây trồng, vật nuôi. Địa hình chia cắt huyện Yên Châu thành 2 vùng rõ rệt: Vùng dọc quốc lộ 6 và vùng cao biên giới.
+ Vùng dọc quốc lộ 6 (vùng lòng chảo) có diện tích tự nhiên: 43.463 ha, gồm 9 xã, thị trấn (Chiềng Đông, Chiềng Sàng, Chiềng Pằn, Viêng Lán, Thị trấn Yên Châu, Chiềng Khoi, sập Vạt, Chiềng Hặc, Tú Nang), chiếm 51,5% diện tích tự nhiên toàn huyện. Vùng dọc quốc lộ 6 xen giữa hai cao nguyên Mộc Châu và Nà Sản nằm ỏ độ cao trung bình 400m so với mặt nước biển.
Đất Nông nghiệp 8.166 ha, chiếm 55% đất nông nghiệp toàn huyện, trong đó đất ruộng lúa 895 ha, chiếm 60,85% diện tích đất ruộng lúa toàn huyện. Vùng này nông dân chủ yếu trồng lúa, mầu, cây công nghiệp ngắn ngày và cây ăn quả, chăn nuôi lợn, với định hướng của huyện là vùng: Lúa + lợn + cây ăn quả (chủ yếu là xoài, nhãn). Bên cạnh đó vùng này còn có 289 ha ao, hồ nuôi thả cá, chiếm 85,5% diện tích ao hồ toàn huyện.
- Vùng cao biên giới có diện tích 40.904 ha, gồm 6 xã (Mường Lựm, Lóng Phiêng, Chiềng Tương, Phiêng Khoài, Chiềng On, Yên Sơn), chiếm 48,5% diện tích tự nhiên toàn huyện. Nằm ở độ cao trung bình 800 – 900m so với mặt nước biển, có những bãi đất bằng xen giữa các dãy núi đá. Đất đai thích hợp cho việc trồng chè, cây ngô và chăn nuôi đại gia súc (trâu, bò), với định hướng của huyện là vùng: Cây công nghiệp + mầu + chăn nuôi đại gia súc.
Giữa hai vùng có điều kiện địa hình, đất đai khác nhau nên thời tiết, khí hậu cũng khác nhau, các hệ động thực vật cũng khác nhau. Do vậy trong phát triển nông nghiệp được huyện xác định cơ cấu cây trồng, vật nuôi khác nhau.