Đây là một phương thức cấp phát Ngân sách nhà nước tiên tiến, mới được áp dụng ở một số nước, hoặc một số khoản chi đặc biệt. Theo đĩ nhà nước khơng can thiệp vào việc sử dụng các khoản kinh phí Ngân sách nhà nước đã cấp cho các cơ quan đơn vị, mà chỉ quan tâm đến hiệu quả sử dụng các nguồn kinh phí đĩ, tức là chỉ quan tâm đến kết quả đầu ra của các chương trình, mục tiêu đã được cơ quan cĩ thẩm quyền phê duyệt.
Quy trình kiểm sốt chi theo đầu ra:
+ Theo phương thức cấp phát này, ngay từ khi lập dự tốn, các cơ quan, đơn vị phải căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ được giao; chỉ tiêu nhiệm vụ của năm kế hoạch; chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu; dự tốn và kết quả thực hiện nhiệm vụ được giao của năm trước để xây dựng dự tốn chi của năm kế hoạch.
+ Sau khi được Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân giao dự tốn ngân sách, các cơ quan nhà nước ở trung ương và địa phương, các đơn vị dự tốn cấp một tiến hành phân bổ và giao dự tốn cho các đơn vị thực hiện phương thức cấp phát Ngân sách nhà nước theo kết quả đầu ra.
+ Trên cơ sở dự tốn chi cả năm được giao và nhiệm vụ phải chi trong quý, các đơn vị phải lập nhu cầu chi quý gửi cơ quan quản lý cấp trên và Kho Bạc Nhà Nước đồng cấp. Căn cứ nhu cầu chi hàng quý đã đăng ký và yêu cầu của nhiệm vụ chi, đơn vị dự tốn lập giấy rút dự tốn ngân sách gửi Kho Bạc Nhà Nước nơi giao dịch.
+ Căn cứ vào dự tốn năm được giao và nhu cầu chi quý đã đăng ký, Kho Bạc Nhà Nước thực hiện trích chuyển kinh phí theo đề nghị của đơn vị. Thủ trưởng đơn vị được quyền chủ động và tự chịu trách nhiệm về việc sử dụng kinh phí được cấp, bảo đảm thực hiện cơng việc theo đúng những cam kết ban đầu.
+ Định kỳ, cơ quan tài chính phối hợp với cơ quản lý cấp trên của đơn vị theo dõi, kiểm ta tình hình thực hiện nhiệm vụ của đơn vị. Trường hợp phát hiện đơn vị khơng bảo đảm thực hiện cơng việc theo đúng cam kết, Kho Bạc Nhà Nước được phép tạm dừng cấp kinh phí cho đơn vị hoặc cĩ biện pháp thu hồi phần kinh phí đã cấp. Như vậy, trong cơ chế kiểm sốt chất lượng đầu ra, các ràng buộc bằng chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu ở đầu vào đã được thay bởi các tiêu chuẩn đánh giá hiệu quả chất lượng đầu ra. Do đĩ, đã khắc phục được những hạn chế của cơ chế kiểm sốt chi theo đầu vào hiện nay, khi mà hệ thống chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu của nhà nước cịn thiếu và lạc hậu; đồng thời tăng cường hơn nữa tính chủ động sáng tạo của các đơn vị sử dụng kinh phí Ngân sách nhà nước cấp cũng như phù hợp với chủ trương cải cách thủ tục hành chính hiện nay ở nước ta.
Tuy nhiên muốn cĩ một cơ chế kiểm sốt như thế, trước hết nhà nước cần phải quy định các tiêu chuẩn hiệu quả đối với từng loại hình đơn vị sử dụng Ngân sách nhà nước. Lẽ đương nhiên, những khoản chi tiêu thường xuyên của Ngân sách nhà nước là những khoản chi gắn liền với việc thực hiện các chức năng của nhà nước, tức là gắn liền với việc đáp ứng các nhu cầu chung, nhu cầu cĩ tính chất tồn xã hội. Vì thế, hiệu quả của các khoản chi đĩ phải được xem xét dựa trên cơ sở đánh giá mức độ hồn thành các mục tiêu kinh tế – xã hội nĩi chung. Đây thực sự là một vấn đề vơ cùng khĩ khăn, phức tạp trong quá trình triển khai áp dụng cơ chế này. Hơn thế nữa, hiệu quả của việc quản lý và kiểm sốt chi Ngân sách nhà nước khơng những chỉ đo được bằng các chỉ tiêu định lượng mà cịn phải xem xét cả bằng các chỉ tiêu định tính.
Ngồi ra, một vấn đề nữa cũng phải tính đến là khi giao tồn bộ trách nhiệm quản lý tài chính cho Thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách rồi sau đĩ mới xem xét hiệu quả của việc sử dụng số kinh phí đĩ, sẽ rất dễ phát sinh trường hợp những nhà quản lý giỏi cĩ thể lạm dụng số tiền tiết kiệm được trong quá trình sử dụng kinh phí được cấp để mưu lợi cho cá nhân hoặc chi tiêu lãng phí, gây thất thốt tiền, tài sản của nhà nước, trong lúc khơng bảo đảm được số lượng, chất lượng cơng việc đã cam kết.
Vì vậy, theo kinh nghiệm của một số nước, trước mắt chỉ nên áp dụng phương thức cấp phát Ngân sách nhà nước theo kết quả đầu ra đối với một số khoản chi cho các dịch vụ cơng cộng như an ninh trật tự, chống các tệ nạn xã hội, các chương trình giáo dục, y tế, vệ sinh mội trường.