Kiểm sốt chi theo dự tốn được duyệt dựa trên phương thức cấp phát Ngân sách nhà nước theo dự tốn chi ngân sách đã được giao cho các đơn vị phù hợp với chức năng, nhiệm vụ mà đơn vị phải thực hiện trong năm ngân sách. Sau khi được Thủ tướng Chính phủ, Uỷ ban nhân dân giao dự tốn ngân sách, các cơ quan nhà nước ở trung ương và địa phương, các đơn vị dự tốn cấp một tiến hành phân bổ và giao dự tốn ngân sách cho các đơn vị trực thuộc sử dụng.
Trên cơ sở dự tốn chi ngân sách cả năm được giao và nhiệm vụ phải chi trong quý, các đơn vị sử dụng ngân sách lập nhu cầu chi quý, chi tiết theo các nhĩm mục chi gửi cơ quan quản lý cấp trên và Kho Bạc Nhà Nước nơi giao dịch. Các khoản chi thanh tốn cá nhân và các kkhoản chi cĩ tính chất thường xuyên phải bố trí đều tong năm để chi. Những khoản chi cĩ tính chất thời vụ hoặc chỉ phát sinh vào một số thời điểm như chi mua sắm, sửa chửa lớn,… phải phân theo tiến độ thực hiện từng quý đã ghi trong dự tốn được giao. Cơ quan quản lý cấp trên tổng hợp nhu cầu chi quý gửi cơ quan tài chính cùng cấp. Cơ quan tài chính căn vào khả năng nguồn thhu và nhu cầu chi trong quý, lập phương án điều hành ngân sách quý của ngân sách cấp mình, bảo đảm nguồn thu để đáp ứng nhu cầu chi trong dự tốn, đúng chế độ của các đơn vị sử dụng ngân sách.
Căn cứ dự tốn Ngân sách nhà nước được giao và yêu cầu chi tiêu, thủ trưởng đơn vị sử dụng Ngân sách nhà nước ra quyết định chi kèmtheo các hồ sơ, chứng từ cĩ liên quan gửi Kho Bạc Nhà Nước nơi giao dịch. Kho Bạc Nhà Nước thực hiện việc kiểm tra, kiểm sốt nếu thấy phù hợp thì xuất quỹ Ngân sách nhà nước thanh tốn cho đơn vị cung cấp hàng hố, dịch vụ bằng chuyển khoản hoặc cấp tiền mặt cho đơn vị để trả cho người thụ hưởng.
Phương thức cấp phát Ngân sách nhà nước theo dự tốn được duyệt là một phương thức cấp phát Ngân sách nhà nước tiên tiến. Song để thực hiện được nĩ, chúng ta cần phải chuẩn bị đầy đủ những điều kiện nhất định. Vì vậy, trước mắt khi điều kiện kỹ thuật và thời gian chưa cho phép đầy đủ để thực hiện phương thức cấp phát theo dự tốn, chúng ta cĩ thể áp dụng phương thức cấp phát này đối với các khoản chi thường xuyên của các đơn vị dự tốn Ngân sách nhà nước, bao gồm: các cơ quan hành chính nhà nước, các đơn vị sự nghiệp, các tổ chức chính trị – xã hội, tổ chức chính trị xã hội nghề nghiệp …, các Tổng cơng ty nhà nước được hỗ trợ vốn để thực hiện một số nhiệm vụ thường xuyên theo quy định của pháp luật.
Trong điều kiện hiện nay, việc áp dụng phương thức cấp phát Ngân sách nhà nước theo dự tốn được duyệt vẫn cịn một số hạn chế dễ xảy ra tình trạng mất cân đối Ngân sách nhà nước tại một thời điểm, khi nhu cầu vượt quá nguồn thu và tồn quỹ Ngân sách nhà nước hiện cĩ; dự tốn ngân sách giao cho các đơn vị hiện nay cịn chậm; các căn cứ xây dựng dự tốn cịn thiếu và khơng đồng bộ. Vì vậy, để áp dụng hiệu quả phương thức này cần phải bảo đảm một số yêu cầu như: cơ quan nhà nước cĩ thẩm quyền cần sớm ban hành đầy đủ, đồng bộ các chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu phù hợp với tình hình thực tế để làm cơ sở cho việc lập và quyết định dự tốn Ngân sách nhà nước; trên cơ sở dự tốn năm được giao các
đơn vị thụ hưởng Ngân sách nhà nước phải đăng ký nhu cầu kế hoạch chi hàng quý với cơ quan tài chính để được bố trí nguồn chi; phân định rõ quyền hạn, trách nhiệm của các đơn vị cĩ liên quan trong việc quản lý, điều hành và sử dụng Ngân sách nhà nước.
