Thị trường trái phiếu chính phủ Việt Nam hiện có quá nhiều trái phiếu với thời hạn đáo hạn khác nhau đang lưu hành. Nguyên nhân là do các đợt phát hành trước đây, mỗi đợt là một loại trái phiếu có kỳ hạn, ngày đáo hạn, lãi suất khác nhau. Lượng trái phiếu phát hành cách đây vài chục năm tuy còn quá nhỏ, nhưng vẫn chưa đến thời gian đáo hạn, trong khi đó, các đợt phát hành trái phiếu khác vẫn tiếp tục được thực hiện hàng năm. Nhiều loại trái phiếu được bảo lãnh phát hành, nhiều thời điểm không thành công, bán được lượng rất ít nên cũng làm tăng thêm mã trái phiếu. Với quá nhiều loại trái phiếu, nhưng khối lượng của từng loại lại quá nhỏ, không đáp ứng nhu cầu của các 3Xem thêm phụ lục D- Cấu trúc thị trường trái phiếu Việt Nam
nhà đầu tư là một nguyên nhân dẫn đến tính thanh khoản thấp của nhiều trái phiếu, đồng thời khó hình thànhđường cong lãi suất chuẩn trên thị trường vốn.
Khối lượng phát hành các trái phiếu Chính phủ còn hạn chế chưa đa dạng về chủng loại, đặc biệt là sự thiếu đa dạng về các kỳ hạn của trái phiếu chính phủ và các công cụ nợ khác; Trái phiếu chính phủ Việt nam hiện nay chủ yếu có kỳ hạn ngắn, 1 năm, 2 năm, 5 năm và kỳ hạn 10 năm, 15 năm rất ít, đặc biệt chưa có trái phiếu dài hạn 30 năm.
Giao dịch repo (hợp đồng mua bán lại trái phiếu) mặc dù đã xuất hiện hơn 5 năm nhưng vẫn chưa có một văn bản pháp lý nào điều chỉnh, hướng dẫn nghiệp vụ này do đó giao dịch repo vẫn chưa phát triển, gây khó khăn trong việc tìm kiếm trái phiếu mua lại với kỳ hạn ngắn chuẩn theo 3 tháng, 6 tháng…trên thị trường. Việc thiếu các trái phiếu kỳhạn ngắn dẫn đến không thể xây dựng được đường cong lãi suất chuẩn. Kế hoạch phát hành trái phiếu Chính phủ tuy đã được xây dựng theo quý và theo năm nhưng chưa hợp lý, một số đợt phát hành chồng chéo, dẫn đến hiệu quả không cao, hoặc không phát hành được; Các đợt phát hành trái phiếu chính phủ không đều đặn, do đó đã không cung cấp đủ nguồn cung cho thị trường trong việc duy trì đường cong lãi suất. Ví dụ, trong thời gian từ tháng 3 đến tháng 10/2008 có liên tục gần 30 đợt phát hành trái phiếu chính phủ không thành công. Đây là một lý do khiến trái phiếu chính phủ chưa trở thành nguồn cung ổn định, dẫn đến việc thị trường thiếu mức chuẩn lãi suất để làm cơ sở định giá các công cụ tài chính khác.