Thời kỳ nung bệnh phụ thuộc vào loài ñộng vật, liều vi rút, ñường truyền và týp vi rút, trong một số trường hợp có thể kéo dài 2- 10 ngày (Donaldson A.I, 1988) [35].
Vi rút LMLM có tính hướng thượng bì, sinh sản chủ yếu trong các tế
bào thượng bì, ñặc biệt là ở những tế bào thượng bì non. Khi vi rút xâm nhập vào cơ thể, trước tiên nó nhân lên ở trong lớp thượng bì của nơi xâm nhập (lớp thượng bì của ống tiêu hóa, của da,..), gây thuỷ thũng các tế bào thượng bì này và hình thành mụn nước sơ phát (thường không trông thấy vì con vật vẫn còn khỏe mạnh). Sau ñó, vi rút sẽ ñi vào máu và các cơ quan phủ tạng. Khi vi rút vào máu sẽ gây sốt và tới các tế bào thượng bì, cuối giai ñoạn sốt, vi rút gây ra các mụn nước thứ phát ở nơi những tế bào thượng bì ñang phân chia mạnh như niêm mạc xoang miệng, vành móng, kẽ móng, núm vú bò sữa, mõm lợn. Dưới áp lực của nước chứa bên trong, mụn nước phát triển to dần ra, nhô lên, kèm theo là phản ứng viêm của da vùng lân cận, bạch cầu xâm nhiễm làm cho dịch lâm ba trong của mụn nước trở nên hơi ñục, nhưng không bao giờ sinh mủ. Sau khi mụn vỡ, những tổn thương trên thượng bì ñược lấp ñầy, không ñể lại sẹo. Mụn nước chỉ loét khi có sự xâm nhiễm của vi khuẩn kế
phát (vi khuẩn sinh mủ, gây hoại tử,..) gây bệnh lý cục bộăn sâu vào trong, có khi gây bại huyết, con vật có thể suy yếu hoặc chết.
Vi rút có thể thông qua ñường tuần hoàn con mẹ xâm nhập vào phôi thai, do ñó gia súc có chửa khi mắc bệnh LMLM thường hay sẩy thai.