Trước đây, Công ty môi trường đô thị thành phố Đà nẵng chịu tránh nhiễm quản lý và vận hành hệ thóng xử lý nước thải tại KCN Hòa Khánh. Toàn bộ hệ thống thu gom đã xuống cấp và hư hỏng nặng. Hệ thống hố ga xây thấp so với mặt đất nên khi trời mưa toàn bộ nước mặt tràn qua miệng hố ga vào hệ thống thu gom. Toàn bộ hệ thống cống thu gom đã mất 74 nắp hố ga. Những tuyến thu gom xây dạng mương thu thì phần đáy bê tông đã xuống cấp, nhiều đoạn bị vỡ làm cho nước ngấm gây thoát nước thải và ô nhiễm môi trường.
Những tuyến thu gom bằng ống bê tông đúc, đặc biệt trên đường số 4 có hiện tượng gãy, hở khớp nối giữa hai ống hoặc bị vỡ, đây là tuyến thấp nhất nên khi có mưa làm lượng nước mưa chảy tràn bên ngoài vào rất nhiều gây khó khăn cho công
tác xử lý. Khảo sát cụ thể tại các hố ga trên tuyến đường số 4 lượng bùn, rác, bê tông, gạch vỡ lấp dày khoảng 50-80cm và nằm trong cả đường ống dẫn.
Hệ thống thu gom có nhiều đoạn, tuyến bị tắc, không đảm bảo truyền dẫn toàn bộ hệ thống nước thải đưa về trạm cũng như đáp ứng nhu cầu xả thải của doanh nghiệp. Nhiều hố ga bị bục, vỡ, tuyến ống bị gãy hở, sụt lún làm cho nước thải chưa qua xử lý thoát ra môi trường.
Nước thải của KCN Hòa Khánh được xử lý sơ bộ trước khi đưa vào hệ thống đường ống chung của KCN. Tuy đã có trạm xử lý nước thải tập trung để giải quyết vần đề ô nhiễm môi trường tại KCN nhưng vẫn còn tồn tại nhiều vướng mắc.
Trạm xử lý nước thải khu công nghiệp Hoà Khánh giai đoạn 1 do Công ty Phát triển và Khai thác hạ tầng KCN Đà Nẵng (Daizico) làm chủ đầu tư có công suất 5.000m3/ngày đêm với tổng mức đầu tư trên 18,1 tỷ đồng. Tuy đã đưa vào sử dụng từ tháng 3/2006 nhưng công suất thực tế xử lý năm 2007 và 2008 chỉ đạt bình quân 1000-1200m3/ngày đêm.
Trong khi đó, nước thải chưa xử lý của một số nhà máy trong cụm công nghiệp Thanh Vinh, KCN Hòa Khánh mở rộng và cả trong KCN Hòa Khánh vẫn không đấu nối được vào tuyến ống thu gom đổ vào mương thoát nước mưa đường số 4. Từ đó đã gây ô nhiễm môi trường nặng nề cho khu vực phía Tây - Bắc của Trạm xử lý nước thải Hòa Khánh.
Từ khi tiếp nhận Trạm XLNT đến nay công ty URRENCO đã thực hiện duy tu, bảo dưỡng hệ thống thu gom nước thải về trạm xử lý như: xây cao hố ga, nạo vét bùn hố ga, đúc lại những tấm nắp bị mất…với kinh phí thực hiện gần 800 triệu đồng. Cụ thể:
Xây cao 74 hố ga hơn mặt đường là 50-80 cm để tránh nước mưa lẫn
đất cát, gạch đá, cành cây đi vào hệ thống thu gom nước thải và tránh hiện tượng nước thải tràn ra ngoài.
Đúc lại toàn bộ 74 tấm bê tông đậy hố ga thay thế cho 74 nắp gang bị mất nắp để đảm bảo vệ sinh môi trường và an toàn giao thông.
Nạo vét bùn, cát tại các hố ga 6 tháng/lần với khối lượng khoảng 200m3
Tiến hành đổ bê tông trên tuyến thu gom số 4 giao với tuyến số 8,9 không cho nước thải thoát ra mương hở với kinh phí 150 triệu đồng.