Biểu thuế nhập khẩu của Việt Nam được hợp lý hóa vào năm 1992 và đơn giản hóa vào năm 1999 sau khi Việt Nam gia nhập Khu vực tự do mậu dịch ASEAN (AFTA). Hiện nay, có ba loại thuế suất: thuế suất tối huệ quốc (MFN) áp dụng cho khoảng 75% tổng lượng hàng hóa nhập khẩu từ khoảng 80 nước có hiệp định thương mại song phương với Việt Nam, trong đó có Hoa Kỳ; thuế suất ưu đãi có hiệu lực chung (CEPT) áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu từ các nước ASEAN; và thuế suất chung (cao hơn thuế suất MFN là 50%) áp dụng cho tất cả các nước khác. Theo tinh thần của Hiệp định Thương mại Hoa Kỳ-Việt Nam (Hiệp định Thương mại Việt Nam-Hoa Kỳ), Việt Nam có nghĩa vụ giảm đáng kể các mức thuế suất, trung bình khoảng từ 1/3 đến 1/2 đối với một loạt các hàng hóa nhập khẩu từ Hoa Kỳ trong khoảng thời gian là 3 năm.
Ngày 1/9/2003, Việt Nam áp dụng một hệ thống thuế quan mới dựa trên Hệ thống hài hòa có tám mã số và theo đúng Biểu thuế hài hòa của ASEAN (AHTN). Hệ thống thuế quan mới bao gồm 10.689 dòng thuế (nhiều hơn biểu thuế cũ là 4.200 dòng), trong đó 5.300 dòng theo hệ từ bốn đến sáu mã số và 5.400 dòng theo hệ tám mã số. Hiện nay, có 15 mức thuế suất (so với 20 mức trong biểu thuế cũ) và mức thuế suất trung bình đã tăng từ 16,8% lên 18,2%. Để thực hiện hệ thống thuế quan mới, Chính phủ Việt Nam đã tăng mức thuế suất đối với 195 mặt hàng và giảm mức thuế suất đối với 106 mặt hàng. Để bảo hộ 72 mặt hàng, trừ bột và hạt nhựa PVC và ống thép hàn, biện pháp phụ thu chênh lệch giá đã được thay thế bằng thuế nhập khẩu. Mức thuế suất đối với xăng dầu (mục 2709 và 2710) không được cụ thể hóa trong biểu thuế mới. Quốc hội giữ thẩm quyền quyết định biên độ thuế đối với từng sản phẩm và Chính phủ được tự do điều chỉnh các mức thuế suất trong biên độ xác định. Biểu thuế nhập khẩu không được đưa lên mạng trực tuyến và thường rất khó khi muốn biết các mức thuế suất đã thay đổi khi nào và bao nhiêu.