Kỹ thuật RAPD đ−ợc ứng dụng phổ biến trong việc nghiên cứu mối quan hệ tiến hoá giữa các giống t−ơng đối gần nhau về mặt di truyền, một số kết quả ứng dụng thời gian qua đã cho biết (Nguyễn Xuân Thụ, 1998)[16]:
- Có thể nhận dạng và phân loại 21 giống cần Tây bằng cách sử dụng phản ứng PCR với 28 đoạn mồi của Operon Technologies để phát hiện những đoạn ADN đa hình, sau đó sử dụng ch−ơng trình PAUP để tính hệ số đồng dạng giữa các cặp và lập cây phân loại của 21 giống.
- Có thể xác định mối quan hệ di truyền của 21 giống nho với phản ứng PCR đ−ợc thực hiện trên 21 đoạn mồi, sản phẩm của RAPD đ−ợc điện di trên gel agaroza 1,5% và những băng đa hình là những băng không đồng thời xuất hiện hoặc vắng mặt ở tất cả các giống, sau đó, sử dụng ch−ơng trình Genstat 5.2 để xử lý kết quả và lập cây phân loại.
- Thời gian gần đây, một số tác giả đã công bố hành loạt công trình đánh giá mối quan hệ di truyền trên các đối t−ợng: đu đủ (10 giống), cà phê (27 giống),… ngoài ra, một số ứng dụng khác của RAPD đã đ−ợc kể đến nh− lập bản đồ chỉ thị di truyền, nhận dạng những gen quan tâm trên cơ thể thực vật,…
ở Việt Nam, những nghiên cứu tiên phong trong việc sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử trong việc nhân dạng di truyền phải kể đến là Viện Công nghệ sinh học, Tr−ờng Đại học Khoa học Tự nhiên,… với những kết quả t−ơng đối đa dạng trên nhiều đối t−ợng: cây ăn quả, cây rau, cây l−ơng thực ,…