Tồn tại những hạn chế trên do có những nguyên nhân khách quan và chủ quan:
Nguyên nhân khách quan:
Thứ nhất, do chính sách chế độ thiếu cụ thể, hệ thống văn bản luật chồng chéo, thường xuyên thay đổi và bất cập; số lượng văn bản liên quan quá nhiều. Do đó, kiểm toán viên gặp khó khăn trong việc nắm bắt.
Hiện nay Bộ Tài chính mới chỉ ban hành chuẩn mực 1000 liên quan đến kiểm toán báo cáo quyết toán vốn đầu tư. Tuy nhiên chuẩn mực này cũng mới chỉ đề cập đến những vấn đề chung nhất của kiểm toán BCQT VDDT chứ chưa đề cập đến những vấn đề cụ thể như tiến hành các thử nghiệm kiểm soát cũng như các thử nghiệm cơ bản. Do vậy, việc đánh giá hệ thống KSNB chủ yếu dựa vào xét đoán nghề nghiệp và kinh nghiệm của kiểm toán viên. Mặt khác, để kiểm toán XDCB, kiểm toán viên đồng thời phải căn cứ vào các chuẩn mực khác áp dụng cho báo cáo tài chính, điều này chưa thực sự sát với một lĩnh vực có những đặc thù cơ bản như XDCB.
Hơn nữa, có thể thấy một vấn đề bất cập trong việc ban hành các văn bản luật liên quan đến XDCB tại nước ta hiện nay. Do hệ thống luật chưa hoàn thiện nên hàng năm lại có rất nhiều văn bản mới ban hành, sửa đổi, hướng dẫn thực hiện hay thay thể những văn bản cũ; điều này dẫn đến sự chồng chéo, không thống nhất giữa các văn bản luật cũng như gây khó khăn cho việc áp dụng, cập nhật cho cả khách hàng lẫn kiểm toán viên.
Thậm chí, ngay cả những văn bản pháp quy liên quan đến thi công cũng tồn tại nhiều hạn chế như: quy chế đấu thầu còn nhiều sơ hở, định mức xây dựng chưa phù hợp cũng như các vấn đề liên quan đến thi công.
Thứ hai, do thực trạng XDCB tại nước ta còn nhiều bất cập kéo theo những khó khăn trong kiểm toán.
Điển hình trong thực trạng XDCB ở nước ta hiện nay là tình trạng lãng phí, thất thoát vốn, việc đầu tư dàn trải kém hiệu quả. Cụ thể, trong năm 2008 vừa qua, khi lạm phát tại Việt Nam lên cao, để kiềm chế lạm phát thì Chính phủ đã tạm dừng kinh tế rất nhiều dự án, công trình đang xây dựng dở dang. Nếu như việc đầu tư được tập trung và có trọng điểm hơn thì chắc chắn hiệu quả đầu tư sẽ có nhiều hiệu quả hơn. Ngoài ra, do bản thân năng lực của nhiều nhà thầu chưa đảm bảo ảnh hưởng tới tiến độ thi công và chất lượng công trình.
Hơn nữa, do có kẽ hở, chưa đồng bộ trong hệ thống văn bản pháp luật nên đã có những tình trạng tiêu cực trong công tác đấu thầu, thi công. Việc móc nối giữa chủ đầu tư và nhà thầu tồn tại rất phổ biến cũng như tình trạng bớt xén vật liệu trong quá trình xây dựng. Điều này sẽ ảnh hưởng đến chất lượng của công trình, dự án. Mà việc kiểm tra chất lượng công trình (đặc biệt trong xây dựng) sau khi hoàn thành thì rất khó khăn, khó kiểm tra một cách chính xác.
Một vấn đề khác, do sản phẩm của XDCB thường có quy mô lớn, kết cấu phức tạp nên bản thân đặc trưng này của XDCB cũng đã gây khó khăn cho kiểm toán viên so với kiểm toán tài chính thông thường.
Thứ ba, do công việc kiểm toán tiến hành sau khi dự án, công trình đã hoàn thành, vì vậy có những tình trạng như luân chuyển công tác của cán bộ Ban quản lý, giấy tờ, hồ sơ báo cáo bị thất lạc, không thể kiểm tra chặt chẽ quá trình thi công…do đó dẫn đến khó khăn trong việc thu thập bằng chứng.
Hơn nữa, việc kiểm tra chất lượng của dự án, công trình sau khi hoàn thành gặp khó khăn.
Hiện tại theo quy định mới nhất về kinh phí kiểm toán – Quyết định số 2173/ QĐ-BTC ban hành ngày 25/06/2007 về việc đính chính Thông tư số 33/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính, hiện nay chi phí kiểm toán chỉ ở mức tối đa là 0,5% so với tổng mức đầu tư. Cụ thể
Tổng mức đầu tư ( Tỷ đồng )
≤ 5 10 50 100 500 1.000 10.000 ≥
20.000 Kiểm toán (%) 0,50 0,34 0,24 0,18 0,10 0,06 0,020 0,012
Có thể thấy đây là một mức phí khá thấp so với thời gian và công sức bỏ ra. Do hạn chế về kinh phí kiểm toán nên điều này sẽ ảnh hưởng đến số lượng nhân viên kiểm toán, trợ lý kiểm toán và kỹ thuật viên tham gia kiểm toán dự án cũng như thời gian tiến hành kiểm toán.Trong khi đòi hỏi tính toán khối lượng, điều chỉnh giá …trong thực trạng XDCB hiện nay cần nhiều thời gian và công sức với những dự án lớn.
Thứ năm, việc kiểm toán được tiến hành với chủ đầu tư, trong khi đó sản phẩm là kết quả làm việc của nhiều bên.
Một công trình, dự án là sản phẩm của nhiều bên: chủ đầu tư, các nhà thầu, các cơ quan có thẩm quyền các cấp, đơn vị cho vay…vv, tuy nhiên việc kiểm toán được thực hiện với chủ đầu tư. Điều này sẽ dấn đến những hạn chế trong quá trình tìm hiểu về dự án cũng như hệ thống KSNB. Muốn đánh giá được hệ thống kiểm soát nội bộ của dự án một cách chính xác, kiểm toán viên phải xem đồng thời hệ thống KSNB của bản thân chủ đầu tư và hệ thống KSNB đối với công trình có liên quan đến các bên tham gia quản lý, thi công.
Nguyên nhân chủ quan (do bản thân công ty TNHH Kiểm toán Tài chính Đầu tư Việt Nam)
Thứ nhất, hạn chế bởi chính đội ngũ nhân viên thực hiện cuộc kiểm toán. Tại công ty hiện nay, trợ lý kiểm toán xây dựng cơ bản là các kỹ sư xây dựng, có hiểu biết về chuyên ngành xây dựng nhưng chưa có kinh nghiệm nhiều về lĩnh vực tài chính, kiểm toán; còn kiểm toán viên thì lại bị hạn chế bởi hiểu biết
về XDCB. Hiện nay, Công ty đang khuyến khích các kỹ sư xây dựng học thêm về kiểm toán, kế toán nhằm hoàn thiện hơn kiến thức, nâng cao chất lượng kiểm toán.
Thứ hai, do quy mô công ty còn nhỏ, nên gặp hạn chế trong bố trí nhân sự, từ đó có thể ảnh hưởng đến chất lượng của cuộc kiểm toán