Trong quá trình triển khai xây dựng dự án, việc giải phóng mặt bằng không thuận lợi như đề xuất ban đầu mà đã được phê duyệt trong Báo cáo nghiên cứu khả thi. Theo quy hoạch ban đầu, toàn bộ khu đất dự kiến để xây dựng toà nhà và công trình phụ trợ là nhóm nhà làm việc hiện sử dụng 984m2 mặt bằng gồm các nhà 3 tầng, 2 tầng, hội trường và đang là nơi làm việc của các bộ phận: Viện điều dưỡng, Công ty Thí nghiệm cơ điện, Viên nghiên cứu và Chuyển giao công nghệ Hàn, Công ty cơ giới tập trung. Tuy nhiên khi tiến hành giải phóng mặt bằng để thực hiện thi công thì các cán bộ công nhân viên hiện đang cư trú tại khu nhà tập thể 2 tầng không chấp thuận phương án di chuyển chỗ ở, do đó Chủ đầu tư và Đơn vị tư vấn thiết kế lại phải điều chỉnh phương án tổng mặt bằng công trình và thay đổi vị trí một số hạng mục công trình phụ trợ. Từ đó phát sinh thêm chi phí thiết kế và làm chậm tiến độ công trình.
Thực hiện đúng theo điều 34 về quản lý môi trường xây dựng của NĐ 16/2005/NĐ-CP, nhà thầu thi công xây dựng phải thực hiện các biện pháp đảm bảo về môi trường cho người lao động trên công trường và bảo vệ môi trường xung quanh, bao gồm các biện pháp chống bụi, chống ồn, xử lý phế thải và thu dọn hiện trường. Trong quá trình triển khai thi công tòa nhà LILAMA, do không di chuyển được khu nhà tập thể đi nơi khác nên biện pháp thi công phải bổ sung công việc che chắn phòng chống vật liệu rơi từ trên cao để đảm bảo an toàn cho cán bộ công nhân viên sinh sống ở đó, gây tốn kém thêm về kinh phí và kéo dài thời gian thi công. Vì là nhà cao tầng nên các công nhân phải bắt buộc đeo dây bảo hiểm, phòng tránh tai nạn rủi ro như ngã từ trên dàn giáo nhưng một số công nhân lại chủ quan, không thực hiện đúng an toàn lao động. Mặt khác do công trình nằm trong khu vực nội đô của thành phố và theo quy định của cơ quan quản lý giao thông việc vận chuyển bê tông thương phẩm bằng xe chở bê tông không được vận chuyển vào ban ngày, do đó khi thực hiện thi công đổ bê tông phần thô phải làm hoàn toàn vào ban đêm gây khó khăn cho cả nhà thầu thi công, ban quản lý dự án và đơn vị tư vấn giám sát.
Về chi phí xây dựng công trình, Tòa nhà hỗn hợp ở và làm việc LILAMA với tổng mức đầu tư là 126.850 triệu đồng, trong đó chi phí cho xây lắp, thiết bị và các chi phí khác là 115.318 triệu đồng ( chi phí đã tính tới thuế VAT). Mức dự phòng phí chỉ tính 10% là 11.532 triệu đồng mà trong quãng thời gian 3 năm (2003-2006) thị trường giá vật liệu xây dựng đã có nhiều biến động về giá cả. Do đó giá trị các gói thầu liên tục biến động, gây khó khăn cho chủ đầu tư và nhà thầu thi công trong quá trình thực hiện, phải thực hiện các thủ tục trình tự lập và trình duyệt điều chỉnh hầu hết các gói thầu xây dựng gây kéo dài thời gian thi công.
Về công tác thiết kế, do năng lực thiết kế của nhà thầu tư vấn có hạn chế, các kỹ sư thiết kế chưa có nhiều kinh nghiệm đối với những công trình nhà cao tầng nên trong hồ sơ thiết kế có nhiều chi tiết không phù hợp với thực tế. Trong quá trình thi công, chủ đầu tư phải kết hợp với đơn vị tư vấn giám sát yêu cầu tư vấn điều chỉnh nhiều chi tiết về thiết kế công trình. Mặt khác đây là công trình xây dựng nhà ở chung cư cho nên trong quá trình thi công, rất nhiều chủ các căn hộ có yêu cầu điều chỉnh thiết kế chi tiết nội thất bên trong căn hộ, do đó cũng gây khó khăn cho chủ đầu tư và các thầu thi công trong khâu hoàn công và quyết toán công trình.
Việc thi công công trình chia ra làm nhiều gói thầu, do đó khi thực hiện thi công trong cùng một lúc có nhiều nhà thầu cùng tham gia thi công do vậy việc quản lý về nhân sự, an toàn lao động của các nhà thầu cũng gây khó khăn cho chủ đầu tư.