"Hệ thống chính sách thuế chưa bao quát hết đối tượng chịu thuế, đối tượng nộp thuế. Nguyên nhân là do khi xây dựng chính sách thuế chưa nhận thức hết phạm vi điều chỉnh của từng sắc thuế và chưa lường hết các nguồn thu phát sinh trong trong quá trình phát triển của nền kinh tế thị trường. Đồng thời trong quá trình thực hiện chưa sâu sát thực tế, chưa phát hiện và đề xuất kịp thời các biện pháp để thu các khoản thu thu nhập mới phát sinh vào NSNN '' [4].
Nội dung thủ tục kê khai khấu trừ, hoàn thuế, tính thuế GTGT vẫn còn có nhiều quy định phức tạp, chưa phù hợp với trình độ quy mô và trình độ quản lý của một bộ phận lớn các DN khu vực kinh tế tư nhân. Quy định về xác định chi phí hợp lý để tính thuế TNDN về cơ bản vẫn đang áp dụng các
định mức quy định của DNNN vì vậy hạn chế tính tự chủ trong SXKD của cơ sở kinh doanh tư nhân [13].
Chính sách thuế đối với một số ngành nghề không kích thích được phát triển sản xuất, đổi mới đầu tư (kêu gọi hộ cá thể thành lập DN nhưng không được ưu đãi miễn giảm thuế). Chính sách thuế còn lòng ghép nhiều chính sách xã hội…
- Thuế GTGT
+ Phương pháp tính thuế: Còn tồn tại hai phương pháp tính thuế GTGT. Phương pháp khấu trừ; phương pháp trực tiếp. Trong phương pháp trực tiếp lại có ba cách tính thuế.
+ Thuế suất: Đã qua nhiều lần sửa đổi bổ sung Luật, Nghị định nhưng thuế GTGT vẫn còn có 3 mức thuế suất 0%; 5%; 10%.
"Việc để nhiều mức thuế suất làm nảy sinh nhiều khó khăn cho việc chấp hành pháp luật thuế của cộng đồng DN cũng như gây phức tạp cho công tác quản lý thuế " [27]
+ Đối tượng chịu thuế: Đối tượng chịu thuế được quy định trong Luật thuế là điều kiện pháp lý làm phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT, nên việc quy định trực tiếp " hàng hoá, dịch vụ dùng cho SX, KD và tiêu dùng ở Việt nam là đối tượng chịu thuế GTGT" là chưa đúng về phương diện lý luận cũng như bản chất của sự việc hiện tượng. Thực tế thuế GTGT đánh vào hành vi người tiêu dùng chứ không phải đánh vào hàng hoá dịch vụ, nên thuế GTGT thuộc thuế tiêu dùng - nghĩa là hàng hoá, dịch vụ chưa được đưa vào lưu thông, chưa thông qua việc mua bán, trao đổi thì chưa bị đánh thuế GTGT, sẻ dẫn đến hệ quả không xác định được thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT và đó cũng là nhược điểm của thuế GTGT hiện hành [24]
+ Đối tượng không chịu thuế: Số lượng nhóm mặt hàng không chịu thuế GTGT còn rất lớn.
- Thuế TNDN
+ Một số chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế:
"Việc kiểm soát chi phí hợp lý gặp rất nhiền khó khăn, nhất là các DN kinh doanh nhiều ngành nghề, sử dụng nhiều loại vật tư khác nhau. Hầu hết các DN không có báo cáo quyết toán vật tư tiêu dùng trong năm, nhiều DN lợi dụng yếu tố tiêu hao vật tư để tăng chi phí hợp lý làm giảm thu nhập chịu thuế. Quy định chi phí tiền vay của các đối tượng khác được hạch toán vào chi phí với lãi suất bằng 1,2 lần lãi suất tiền vay của các tổ chức tín dụng nhằn tạo điều kiện DN thêm vốn phát triển SXKD, vô tình cũng là kẻ hỡ để nhiều DN đưa chính nguồn vốn của mình vào để tăng chi phí nhằm trốn thuế TNDN " [57].
"Chi phí hợp lý theo Luật thuế hiện hành gồm những quy định về các khoản chi phí hợp lý và các khoản không hợp lý. Quy đinh như vậy là phức tạp và không minh bạch" [58].
“ Luật thuế TNDN quy định cả chi phí được trừ và chi phí không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Qua thực hiện ngày càng phát sinh nhiều vướng mắc, gây khó khăn làm hạn chế quyền chủ động của DN” [39].
Chi phí tiền lương trả cho người lao động rất phức tạp và khó có căn cứ và cơ sở pháp lý xác định chính xác thực tế DN trả cho người lao động vì cơ chế thanh toán bằng tiền mặt.
Khống chế chi phí quảng cáo 10% là không phù hợp. " Ngày nay bán hàng là bán thương hiệu. Hậu quả của mức khống chế 10% là rất lớn, ảnh hưởng tiêu cực đến cả nền kinh tế cũng như khả năng thu hút đầu tư, hoạt động của DN lẫn người tiêu dùng" [27], [34].
Chế độ ưu đãi miễn giảm thuế TNDN. Hệ thống ưu đãi thuế theo quy định hiện hành quá phức tạp, dàn trải. Thứ nhất do việc ưu đãi áp dụng đối với quá nhiều trường hợp nên các dự án đầu tư liên quan đén nhiều ngành
nghề, nhiều địa bàn khó xác định mức độ ưu đãi. Thứ hai các điều kiện ưu đãi không rõ ràng, khó thực hiện [58]
Có doanh nghiệp được hưởng ưu đãi về thuế TNDN theo 4 trường hợp: Ưu đãi mới thành lập, ưu đãi theo mở rộng đầu tư, ưu đãi do đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu, ưu đãi do đáp ứng tỷ lệ lao động nử dẫn đến DN rất lúng túng trong việc tự xác định ưu đãi. " Ưu đãi thuế TNDN của nước ta hiện nay được coi là phức tạp nhất so với thông lệ quốc tế" [27].
Một trong những chính sách không rõ ràng của Nhà nước đó là khái niệm "Dự án đầu tư" Theo quy định hiện nay các "doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư" được miễn thuế hai năm đầu và giảm 50% của 6 năm tiếp theo kể từ khi có lãi, vì vậy nhiều hộ cá thể đã thành lập công ty TNHH để được miễn, giảm thuế TNDN trong khi quy mô, ngành nghề không thay đổi gây thất thu cho ngân sách. Nhiều DN hết thời kỳ ưu đãi miễn giảm thì giải thể, thành lập DN mới để được ưu đãi đầu tư.
Chính sách thuế còn lòng ghép nhiều chính sách miễn giảm thuế. Cùng với việc miễn thuế theo Luật định, việc miễn thuế tuỳ ý được giao cho các Bộ trưởng, người đứng đầu cơ quan Thuế - Hải quan đã tạo cơ hội cho cán bộ tham gia tham nhũng. Điều này làm xói mòn tính công bằng của hệ thống thuế và tạo ra trong ý thức những người nộp thuế tuân thủ tốt một sự hoài nghi về tính hợp lý của việc tiếp tục tuân thủ tốt [26].
"Tình trạng DN thành lập rồi bỏ trốn khỏi địa điểm KD có xu hướng tăng trở lại. Theo đó các DN này tiếp tay cho cho các tổ chức các nhân khác sử dụng những hoá đơn bất hợp pháp để hợp thứ hoá chi phí đầu vào, khấu trừ thuế, chiếm đoạt tiền hoàn thuế GTGTvà kinh phí của Nhà nước'' [5].