Bên cạnh những thành tựu đạt được, Công ty cũng còn một số hạn chế, thiếu sót trong công tác quản lý và sử dụng vốn.
Cơ cấu nguồn vốn kinh doanh chưa hợp lý: hệ số nợ đang lên cao làm tăng khả năng rủi ro về tài chính và tăng chi phí sử dụng vốn của Công ty. Với cơ cấu tài chính trong đó nợ phải trả chiếm ưu thế, hàng năm Công ty phải sử dụng lợi nhuận thu được từ hoạt động kinh doanh để trang trải lãi vay - số lợi nhuận còn lại chỉ đạt thấp so với tổng vốn, từ đó làm các chỉ tiêu tỷ suất lợi nhuận các loại vốn lưu động, vốn cố định, vốn kinh doanh nói chung giảm xuống.
Cơ cấu vốn lưu động vẫn chưa hợp lý: Do vốn lưu động vẫn còn tồn đọng lớn ở khâu lưu thông nên Công ty vẫn phải trả chi phí sử dụng vốn từ nguồn vốn huy động ở bên ngoài để bù đắp vào số vốn vẫn còn bị chiếm dụng chưa thu hồi hết. Các khoản phải thu của Công ty lớn làm cho việc thanh quyết toán các dự án đầu tư hay việc sản xuất kinh doanh bị chậm lại. Điều đó sẽ gây khó khăn cho Công ty trong việc thu hồi vốn, đầu tư cho các dự án khác. Tình trạng vốn bị ứ đọng ở các dự án, thiết bị vật tư, nhân lực kéo dài thời gian ngừng sản xuất, một số chi phí tăng lên: chi phí thuê máy móc, lương nhân công, tiền lãi vay v.v…Do đó nó làm giảm số vòng quay vốn lưu động và kéo dài thời gian quay vòng vốn dẫn đến tình trạng hiệu quả
sử dụng vốn không cao. Lượng hàng tồn kho của Công ty hàng năm còn tồn đọng lớn và nguồn vốn bị chiếm dụng cũng lớn. Điều đó ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động của vốn lưu động, giảm khả năng sinh lời.
Trình độ tổ chức, quản lý chưa đáp ứng được yêu cầu trong công tác quản lý tài chính. Công tác phân tích tài chính và phân tích hoạt động kinh tế của Công ty chưa thực sự được quan tâm, công tác này chỉ mới được thực hiện trên một số chỉ tiêu về mặt tài chính còn các mặt khác chưa được thực hiện. Thu nhập bình quân người lao động còn thấp nên chưa khuyến khích, thu hút được người lao động, đời sống người lao động cơ bản còn gặp nhiều khó khăn. Các đơn vị trực thuộc trong Công ty hoạt động kinh doanh rải rác trên nhiều địa bàn, không tập trung nên công tác kiểm tra và đôn đốc việc thực hiện nhiệm vụ kế hoạch hàng tháng, quí chưa kịp thời, việc thực hiện các chế độ báo cáo định kỳ của đơn vị chấp hành chưa nghiêm túc, còn chậm.