Trên địa bàn quận có hai bệnh viện: Bệnh viện Đa khoa Đức Giang, với quy mô khoảng 250 giường bệnh và Bệnh viện Tâm thần, quy mô khoảng 150 giường bệnh, cả hai bệnh viện đều do Sở Y tế Hà Nội quản lý. Ngoài ra, còn có Trung tâm y tế mới thành lập, cơ sở vật chất và trang thiết bị y tế còn thiếu, kinh phí hoạt động hạn hẹp, trụ sở làm việc phải đi thuê. Số cán bộ y tế của Trung tâm gồm 4 bác sĩ, y tá. Quận Long Biên còn có 1 trung tâm y tế hàng không, quy mô khoảng 20 giường bệnh và trung tâm y tế đường sắt. Hai trung tâm y tế này chỉ phục vụ cho cán bộ công nhân viên của Tổng công ty Hàng không Việt Nam và Công ty Xe lửa Gia Lâm.
Do mạng lưới y tế phường mới được hình thành, nên cơ sở vật chất chưa đạt so với tiêu chuẩn quốc gia; dụng cụ y tế khám chữa bệnh ở một số phường còn thiếu hoặc đã hỏng, lạc hậu.
Ngoài hệ thống y tế công lập, các cơ sở hành nghề y, dược tư nhân cũng phát triển nhanh chóng. Năm 2004, 146 cơ sở hành nghề y, dược tư nhân có giấy phép do Sở Y tế Hà Nội cấp. Nghề Y có 77 cơ sở, trong đó có 4 phòng khám đa khóa; Dược có 60 cơ sở; Y học dân tộc có 9 cơ sở. Các cơ sở này đã đi vào hoạt động nền nếp, nhiều cơ sở có diện tích sử dụng riêng biệt, khang trang, đầy đủ trang thiết bị và thực hiện theo đúng các quy
chế ban hành của Bộ Y tế. Các cơ sở tham gia khám chữa bệnh, cung ứng thuốc, đảm bảo an toàn hợp lý cho người bệnh, góp phần cùng với tổ chức y tế nhà nước chăm sóc sức khỏe ban đầu cho nhân dân trên địa bàn. Tuy nhiên, công tác hành nghề y, dược tư nhân còn một số phòng khám hoạt động quá phạm vi cho phép, cơ sở y tế kiêm bán thuốc, người giúp việc không phép, biển hiệu sai, chưa nghiêm túc thực hiện quy chế, chế độ chuyên môn, quy trình vệ sinh vô khuẩn, hệ thống sổ sách thiếu, ghi chép chưa đầy đủ, một số hóa đơn thuốc chưa hợp lệ. Trong khi đó, công tác quản lý các cơ sở hành nghề y, dược tư nhân của các ngành chức năng chưa chặt chẽ, dẫn đến có lúc, có nơi xử lý chưa triệt để.
Cán bộ y tế của quận còn thiếu cả về số lượng và chất lượng. Năm 2004, có 68 cán bộ y tế, tính bình quân 1 cán bộ y tế phục vụ khoảng 2.568 người dân. Tỷ lệ này chưa đạt được so với yêu cầu chung của thành phố là 500 dân/cán bộ y tế. Với yêu cầu mỗi trạm y tế phường phải có một bác sĩ, 1 y tá; hiện nay, có 3 trạm y tế chưa có bác sĩ (Thạch Bàn, Phúc Lợi, Việt Hưng).