Khắ hậu trong lưu vực thuộc loại khắ hậu nhiệt đới gió mùa. Số giờ nắng trung bình năm (Sn) biến đổi trong phạm vi 2200 - 2500 giờ.
Nhiệt độ không khắ trung bình năm nhỏ hơn 180C ở vùng núi cao trắn 1500 m, lớn hơn 240C ở vùng thung lũng.
Nhiệt độ không khắ cao nhất tuyệt đối lắn tới 36 - 400C, nhiệt độ không khắ thấp nhất tuyệt đối có thể hạ xuống 3 - 90C
Lượng mđy trung bình năm tương đối thấp: 4 - 6,5 phần mười bầu trời.
Độ ẩm tương đối trung bình năm ở phần lớn câc nơi trong vùng biến đổi trong phạm vi 75 - 85%.
Tốc độ gió trung bình năm khoảng 1 - 3,5 m/s. Tốc độ gió lớn nhất có thể tới 30 - 35 m/s. Lượng bốc hơi trung bình năm biến đổi trong phạm vi từ dưới 1000 mm ở vung núi cao đến hơn 1600 mm ở vùng bình nguyắn, thể hiện xu thế giảm khi độ cao địa hình tăng lắn.
Lượng mưa năm trung bình năm biến đổi trong phạm vi 1400 - 3000 mm. Lượng mưa biến đổi mạnh mẽ theo mùa. Mùa mưa thường kĩo dăi từ thâng V đến thâng X ở phần lớn câc nơi. Lượng mưa mùa mưa chiếm tới 80 - 90% lượng mưa toăn năm.
Lượng mưa mùa khô chỉ chiếm tới 10 - 20% lượng mưa năm.
Số ngăy mưa trong năm khoảng 130 - 160 ngăy. Trong mùa khô, số ngăy mưa hăng thâng thường dưới 5 ngăy. Do vậy, hạn hân thường xảy ra trong mùa khô.
Vùng đồng bằng sông Cửu Long có khắ hậu nhiệt đới ẩm, gió mùa cận xắch đạo. Bức xạ tổng cộng trung bình năm khoảng 150 - 160 kcal/cm2. Nhiệt độ không khắ trung bình năm khoảng 26 - 290C. Số giờ nắng trung bình năm khoảng 2200 - 2800 giờ. Độ ẩm không khắ trung bình năm khoảng 70 - 80%. Độẩm tối thấp có thể xuống tới 30 - 35%. Lượng mđy trung bình năm khoảng 7 phần mười bầu trời. Tốc độ gió trung bình năm văo khoảng 2 m/s. Tốc độ gió mạnh nhất không quâ 25 - 30m/s.