Trong giai đoạn 2001 đến nay, Chi nhánh đã liên tục thực hiện các giải pháp nâng cao năng lực quản lý rủi ro, đặc biệt trong lĩnh vực tín dụng và đầu tư. Các chỉ tiêu về chất lượng thường xuyên được rà soát, đánh giá và chấn chỉnh đảm bảo mục tiêu tăng trưởng bền vững. Mô hình tổ chức tại Chi nhánh cũng được cải tiến, trong đó có một bộ phận chuyên trách về phân tích và cảnh báo rủi ro. Danh mục tài sản của ngân hàng được quản lý tập trung, điều chỉnh bởi các công cụ điều hành như chính sách giá điều chuyển vốn nội bộ, hạn mức hoạt động của từng bộ phận, đơn vị, chỉ tiêu lợi nhuận đối với từng sản phẩm và kênh bán hàng.
Tuy nhiên, trình độ quản trị của Chi nhánh vẫn còn nhiều hạn chế, thiếu tính chuyên nghiệp. Trình độ quản lý kinh doanh thấp và quản lý rủi ro còn non yếu ( cho vay chủ yếu dựa vào tài sản bảo đảm, năng lực thẩm định tín dụng yếu, hệ thống phân loại nợ chưa phù hợp, nguyên tắc kiểm tra, kiểm soát còn thiếu chặt chẽ). Hầu hết các cán bộ quản trị ngân hàng của Chi nhánh chưa được đào tào nghề quản trị ngân hàng một cách bài bản, chủ yếu được lựa chọn qua thực tiễn hoạt động kinh doanh nên tính chuyên nghiệp trong quản trị và điều hành không cao. Bên cạnh đó, tiêu thức phân định các phòng, ban của Chi nhánh hiện nay là theo loại hình nghiệp vụ (trong khi ở các ngân hàng tiên tiến, các hoạt động hướng tới khách hàng của họ lại được phân theo tiêu thức đối tượng khách hàng - sản phẩm nhằm đáp ứng tốt hơn các yêu cầu của khách hàng và nâng cao chất lượng phục vụ khách hàng). Trong điều kiện Chi nhánh hoạt động với quy mô nhỏ, tính chất đơn giản như hiên nay thì mô hình naỳ tỏ ra phù hợp với mức độ tập trung quyền lực cao. Song khi Chi nhánh phát triển với quy mô ngày càng lớn, mô hình trên dần dần sẽ bộc lộ những điểm bất hợp lý.