Theo quyết định số 372/QĐ - TTG ngày 4/4/2003 của Thủ tướng chính phủ, Tổng công ty hàng không Việt Nam ( Vietnam Airlines) sẽ hoạt động theo mô hình Công ty mẹ - Công ty con. Trong đó công ty mẹ là Tổng công ty hàng không Việt Nam thuộc loại hình doanh nghiệp nhà nước sở hữu 100% vốn, chịu sự điều chỉnh của Luật doanh nghiệp nhà nước 1995, Công ty con quan hệ
với công ty mẹ theo điều lệ tổ chức, hoạt động và quy chế tài chính thí điểm, bao gồm những loại hình sau:
+ Hai công ty TNHH một thành viên do công ty mẹ sở hữu 100% vốn điều lệ
là: Công ty xăng dầu hàng không và công ty bay dịch vụ hàng không. Các công ty này hoạt động theo Luật doanh nghiệp Việt Nam 1999.
+ Mười công ty cổ phần do công ty mẹ nắm cổ phần chi phối gồm : Công ty hàng không cổ phần Pacific Airlines
Công ty cung ứng xuất ăn Nội Bài Công ty khảo sát thiết kế hàng không.
Công ty dịch vụ hàng không sân bay Tân sơn nhất Công ty dịch vụ hàng không sân bay Nội bài Công ty xây dựng công trình hàng không
Công ty xuất nhập khẩu hàng không
Công ty cổ phần dịch vụ hàng hoá Nội bài Công ty cổ phần tin học hàng không.
Các công ty này cũng hoạt động theo Luật doanh nghiệp 1999 + Bốn công ty liên doanh có vốn góp chi phối của tổng công ty: Công ty liên doanh TNHH dịch vụ hàng hoá Tân sơn nhất . Công ty liên doanh sản xuất bữa ăn trên tàu bay Tân sơn nhất .
Công ty liên doanh TNHH giao nhận hàng hóa thành phố Hồ Chí Minh Công ty liên doanh phân phối toàn cầu.
Các công ty này hoạt động theo các qui định của Luật đầu tư nước ngoài + Tám công ty liên kết do công ty mẹ nắm dưới 50% vốn điều lệ :
Công ty cung ứng dịch vụ hàng không
Công ty dịch vụ hàng không sân bay Đà Nẵng Công ty nhựa cao cấp hàng không.
Công ty vận tải ôtô hàng không
Công ty cung ứng xuất nhập khẩu lao động hàng không Công ty cổ phần du lịch hàng không
Công ty cổ phần khách sạn hàng không. Công ty cổ phần quảng cáo hàng không.
+ Một đơn vị sự nghiệp là Viện khoa học hàng không.(9)
Hội đồng quản trị là cơ quan quản lí cao nhất của tổng công ty hàng không, là
đại diện trực tiếp chủ sở hữu tại tổng công ty, chịu trách nhiệm bảo toàn và phát triển vốn và tài sản của nhà nước giao.
trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công hoặc uỷ quyền. Giúp đỡ cho Tổng giám đốc còn có 3 phó Tổng giám đốc.
Tổng giám đốc trực tiếp phụ trách quản lý: Ban kế hoạch đầu tư, Ban tài chính kế toán, Tổ chức cán bộ, công nghệ thông tin, văn phòng Đảng Đoàn
Phó tổng giám đốc kiêm giám đốc thương mại phụ trách( theo uỷ quyền của tổng giám đốc ) : Ban kế hoạch thị trường, tiếp thị hành khách, tiếp thị hàng hoá, dịch vụ thị trường, ba văn phòng khu vực Bắc - Trung - Nam, các văn phòng đại diện ở nước ngoài, các xí nghiệp dịch vụ mặt đất, xí nghiệp hàng hoá Nội Bài, xí nghiệp xuất ăn Nội bài.
Phó tổng giám đốc kiêm giám đốc khai thác bay phụ trách: Ban điều hành khai thác bay, Ban tiêu chuẩn và an toàn bay, Đoàn bay, Đoàn tiếp viên, Trung tâm
đào tạo hàng không.
Phó tổng giám đốc kiêm giám đốc phụ trách kỹ thuật phụ trách ban kỹ thuật, bảo đảm chất lượng, xí nghiệp sửa chữa máy bay A75 và A76, công ty cung