Kiểm toỏn nội bộ thiếu kinh nghiệm và kiến thức về công nghệ thông tin, chưa có hệ thống phù hợp để đánh giá hiệu quả hoạt động của kiểm toán nội bộ, bới hệ thống quản lý rủi ro của bản thõn ngõn hàng chưa hợp lý, chưa có các mẫu báo cáo được chuẩn mực hóa, kiểm toán nội bộ hầu như chưa được hỗ trợ bởi cỏc cụng cụ cần thiết
Tổ chức kiểm toán nội bộ là một bộ phận cấu thành của Chi nhánh Ngân hàng tỉnh chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Giám đốc nên kiểm soát viên khó có thể phát huy tính trung thực, khách quan và độc lập về chuyên môn với lãnh đạo, nếu chưa được lãnh đạo quan tâm chỉ đạo công tác kiểm toán.
Trình độ của kiểm toán viên nhìn chung còn bất cập so với yêu cầu đổi mới. Đặc biệt là trong giai đoạn chuyển đổi cơ chế quản lý của Ngân hàng theo luật NHNN. Kiến thức và năng lực của kiểm toán viên trong lĩnh vực quản lý kinh tế, pháp luật, ngoại ngữ, vi tính...chưa cao, kinh nghiệm về thực tiễn kiểm soát chưa nhiều nên chất lượng chưa sâu, chưa kỹ, chưa phát hiện được hết sai sót, vì thế kết quả kiểm toán nội bộ chưa có tác dụng thiết thực, kiểm soát viên chưa đưa ra được nhiều những giải pháp hữu ích giúp cho ban lãnh đạo trong công tác quản lý, chỉ đạo, điều hành đơn vị.
Với số cán bộ kiểm soát như hiện nay (01 người) là chưa phù hợp với chức năng nhiệm vụ, thường xuyên đảm nhiệm mọi khâu công việc từ việc thực hiện
kiểm tra giám sát toàn bộ hoạt động của Ngân hàng, lại vừa thực hiện giám sát trực tiếp công tác tiền tệ kho quỹ, giám sát và kiểm tra công tác kế toán vì vậy đã ít nhiều ảnh hưởng đến khối lượng, chất lượng của kiểm soát.
Trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ kiểm soát ở một số lĩnh vực còn hạn chế như tin học, tín dụng, xây dựng cơ bản...trong quá trình thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, kiểm soát còn ngại va chạm, né tránh nên hiệu quả công việc chưa cao.
Kỹ năng làm việc, nghiên cứu tư duy trong việc phân tích tổng hợp và phương pháp tiếp cận đối tượng được kiểm tra, kiểm soát cùng hạn chế chưa tương xứng với vị trí, trách nhiệm của công tác kiểm toán, KSNB.
Cán bộ kiểm soát do trình độ tin học chưa sâu nên khả năng kiểm toán giám sát các quy trình nghiệp vụ thực hiện ứng dụng công nghệ tin học bị hạn chế. Mặt khác, phần mềm ứng dụng trong công tác, kiểm toán nội bộ chưa đầy đủ (chỉ có kiểm soát kế toán giao dịch) nên việc giám sát các chương trình nghiệp vụ kế toán khác của NH chưa thực hiện được.
Việc chấp hành chế độ thông tin báo cáo về công tác kiểm toán nội bộ còn hạn chế về mặt chất lượng, thông tin báo cáo còn sơ sài, nhiều khi mang tính chất hình thức.
Bộ phận, KTNB bộ chưa phân tích được rủi ro tiềm tàng, rủi ro kiểm toán và tác động rủi ro xảy ra của các lĩnh vực hoạt động, đơn vị trực thuộc để làm cơ sở lập kế hoạch kiểm toán hàng năm. Việc phân tích rủi ro tiềm tàng, rủi ro kiểm soát rất cần thiết để kế hoạch công tác KTNB được định hướng theo rủi ro, tập trung công tác kiểm toán vào những lĩnh vực hoạt động, những đơn vị có khả năng rủi ro cao như vậy hoạt động kiểm soát mới có hiệu quả.
Các phương pháp chuyên môn nghiệp vụ kiểm toán đặc biệt là quy trỡnh, chuẩn mực, quy định về kiểm soát chất lượng kiểm toán của cả ba phân hệ kiểm toán mặc dù đó được chú trọng xây dựng và ban hành nhưng cũn thiếu đồng bộ đó ảnh hưởng nhất định đến chất lượng hoạt động kiểm toán. Chưa triển khai được
kiểm toán trong môi trường cụng nghệ thụng tin, việc ứng dụng cụng nghệ thụng tin vào cụng tỏc kiểm toỏn cũn hạn chế.
Sự phát triển về tổ chức của cả ba phân hệ kiểm toán chưa đáp ứng được yêu cầu của thực tiễn. KTNN cho đến nay đó cú bước trưởng thành nhanh chóng về tổ chức và nhân sự nhưng năng lực kiểm toán vẫn chưa tương xứng với chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn được giao, đặc biệt là thiếu các KTNN khu vực để kiểm toán ngân sách địa phương. Các doanh nghiệp kiểm toán độc lập tuy số lượng phát triển khá nhanh nhưng năng lực nhỡn chung cũn hạn chế. Hệ thống kiểm toỏn nội bộ phỏt triển chậm, chủ yếu mới được hỡnh thành ở một số Tổng cụng ty và ngõn hàng thương mại Nhà nước
Hoạt động kiểm toán trong thực tế cũn hạn chế cả về phạm vi, quy mụ và chất lượng. KTNN mới chỉ chú trọng kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động cũn chưa được triển khai nhiều. Các doanh nghiệp kiểm toán độc lập của VN cũn hạn chế về kinh nghiệm hành nghề, năng lực và sức cạnh tranh, chất lượng kiểm toán chưa đáp ứng được yêu cầu của các đối tượng sử dụng thông tin. Chất lượng hoạt động kiểm toán nội bộ tại một số tổng công ty nhà nước cũn nhiều hạn chế về quy mụ và tớnh chuyờn nghiệp; kiểm toỏn nội bộ chưa thật sự khẳng định được vai trũ phục vụ quản lý nội bộ của đơn vị