Bộ phận kiểm tra NHNo Trùng Khánh gồm 01 kiểm toán viên chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Giám đốc về tổ chức lao động và sự chỉ đạo về nghiệp vụ của vụ tổng kiểm soát, kiểm toán.
Kiểm toán viên NHNo Trùng Khánh là công chức chuyên môn nghiệp vụ, thực hiện kiểm toán hoạt động của đơn vị, kiểm toán nội bộ đối với các đơn vị thực hiện nghiệp vụ NHTM.
Kiểm toán viên của bộ phận kiểm toán nội bộ NHNoTrùng Khánh đã là những cán bộ có nhiều năm công tác trong ngành ít nhất là 06 năm trở lên, đều đã trực tiếp thực hiện công tác kế toán và thanh toán, đảm bảo đúng yêu cầu trong quy chế kiểm soát, kiểm toán viên Nhà nước đó là:
- Tốt nghiệp Đại học , Tài chính, Ngân hàng.
- Đã qua lớp bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm soát, kiểm toán theo nội dung chương trình của NHNN.
- Đã có thời gian công tác trong ngành Ngân Hàng từ 03 năm trở lên.
Hoạt động kiểm toán tại NHNo Trùng Khánh luôn được Ban lãnh đạo quan tâm và chỉ đạo sát sao. Ngay từ khi mới thành lập, bộ máy kiểm soát kiểm toán nội bộ đã được kiện toàn và hoạt động ngay cùng với các phòng ban khác, bộ phận kiểm toán (độc lập với các phòng nghiệp vụ) kiểm tra kiểm toán chặt chẽ quy trình nghiệp vụ tại NHNo Trùng Khánh, như kiểm toán hoạt động an toàn kho quỹ, kiểm toán nội bộ các báo cáo Tài chính...
Bộ phận kiểm toán tại chi nhánh, ngoài việc tổ chức triển khai, thực hiện công tác giám sát, kiểm soát thường xuyên theo quy trình nghiệp vụ, 06 tháng, 01 năm kiểm toán nội bộ căn cứ vào hướng dẫn của vụ tổng kiểm soát kiểm toán nội bộ và tình hình thực tế tại chi nhánh, tiến hành kiểm toán nôi bộ toàn diện trình Giám đốc duyệt. Định kỳ 06 tháng 01 lần, bộ phận kiểm toán tổ chức kiểm tra toàn diện (hoặc đột xuất theo quyết định của Giám đốc ) đối với công tác an toàn kho quĩ tại đơn vị. Sau một lần kiểm tra báo cáo được lập và gửi về Ngân hàng No tỉnh sau đú gửi về Trung Ương (vụ tổng kiểm soát theo quy định).