Đối với DNDNN TW, chủ trơng CPH đến năm 1998 mới đợc Bộ Y tế triển khai. Sau khi Nghị định 44/1998/NĐ-CP đợc ban hành, Bộ Y tế đã thành lập Ban Đổi mới quản lý doanh nghiệp (nay là Ban Đổi mới và Phát triển doanh nghiệp) và xây dựng Đề án sắp xếp tổng thể DNNN của Bộ Y tế giai đoạn 1998 - 2000 trong đó lựa chọn 6 DNDNN thực hiện CPH giai đoạn này. Bên cạnh đó, Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 2721/1998/QĐ-BYT ngày 20/10/1998 về việc thực hiện CPH DNNN thuộc Tổng công ty dợc Việt Nam năm 1998 trong đó chọn ra 5 DN CPH gồm Xí nghiệp Hóa dợc, Công ty bao bì dợc, Công ty D- ợc liệu Trung ơng 2, Công ty Dợc TW 3 và Công ty Xuất nhập khẩu y tế 1. Các đơn vị này đều là các đơn vị tự nguyện đăng ký thực hiện CPH và đợc Bộ Y tế chấp thuận.
Tuy nhiên, việc triển khai CPH trong năm 1998 và giai đoạn 1998 - 2000 tiến hành rất chậm, hầu hết số doanh nghiệp đợc lựa chọn CPH đều không thực hiện đợc theo kế hoạch đặt ra. Đến tháng 11/2000 mới có duy nhất một bộ phận Công ty xuất nhập khẩu y tế 1 là Xí nghiệp sản xuất kinh doanh dợc phẩm (Chi nhánh Hải phòng) CPH thành công với vốn điều lệ vẻn vẹn chỉ 1 tỷ đồng.
Nguyên nhân của việc chậm chễ trên là do việc xây đựng Đề án sắp xếp tổng thể DNNN của Bộ Y tế giai đoạn này còn thiếu cơ sở khoa học và thực tiễn, chủ yếu dựa trên đề nghị của các doanh nghiệp. Công tác chỉ đạo, đôn đốc, kiểm tra, giám sát của Bộ Y tế cha thờng xuyên, thiếu kiên quyết. Tổng công ty dợc Việt Nam cũng nh các doanh nghiệp thành viên cha xây dựng kế hoạch cụ
thể và cha có những biện pháp tích cực để tổ chức, triển khai thực hiện Đề án đã đợc Chính phủ phê duyệt. Tổng công ty dợc cũng cha có sự thống nhất về cách thức, qui trình sắp xếp đổi mới và thực hiện CPH DNNN dẫn đến tổ chức thực hiện gặp khó khăn. Bên cạnh đó, một bộ phận cán bộ, đảng viên và ngời lao động vẫn còn t tởng bao cấp, dựa dẫm và đặc biệt một số ít cán bộ lãnh đạo, quản lý doanh nghiệp sợ mất quyền lợi khi CPH. Ngoài ra, do đặc thù của doanh nghiệp dợc tuy lợi nhuận không cao, nhng công việc và thu nhập của ng- ời lao động ổn định. Do đó tâm lý chung của ngời lao động ngại thay đổi hình thức quản lý.
Chính vì vậy, Bộ Y tế đã đề ra yêu cầu cụ thể và chỉ đạo kiên quyết hơn. Đặc biệt Nghị quyết Trung ơng 3 khóa IX của Đảng tiếp tục khẳng định chủ tr- ơng đúng đắn về sắp xếp, đổi mới và nâng cao hiệu quả DNNN nên sau đó một loạt DNDNN thuộc Bộ Y tế đã chủ động đăng ký với Bộ triển khai thực hiện CPH.
Đột phá đầu tiên là Công ty Dợc phẩm Trung ơng 7. Chỉ sau 45 ngày kể từ khi có quyết định đã hoàn thành việc CPH DN (7/2001) với số vốn điều lệ 22 tỷ đồng, hoạt động kinh doanh sau CPH ổn định và tạo ra các tiền đề cho sự phát triển. Sự kiện này đã giúp cho các doanh nghiệp có qui mô vốn lớn, hoạt động sản xuất kinh doanh ổn định tham khảo, trao đổi thực tế. Kết quả là có thêm Xí nghiệp Dợc phẩm Trung ơng 24, Xí nghiệp Dợc phẩm Trung ơng 26 đăng ký và đợc Chính phủ, Bộ Y tế cho phép CPH và đã hoàn thành việc chuyển đổi vào quí I/2002. Công ty Dợc liệu TW 2, Công ty bao bì dợc là hai đơn vị có nhiều khó khăn nhng vẫn kiên trì với chủ trơng, cố gắng giải quyết các trở ngại, đã thực hiện xong việc chuyển đổi trong quí II/2002.
Đối với DNDNN địa phơng, sau khi Nghị định 44/1998/NĐ-CP đợc ban hành, một số tỉnh đã tích cực triển khai thực hiện Nghị định này, điển hình là TP. Hồ Chí Minh và Nam Định - hai địa phơng có nhiều doanh nghiệp trực thuộc huyện và chủ yếu là các doanh nghiệp có qui mô vừa và nhỏ.
Đa số các DNDNN đợc CPH trong giai đoạn này là những DN có ít tồn tại, yếu kém về tài chính, công nợ, sản xuất kinh doanh ổn định. Mặt khác do Nghị định 44/1998/NĐ-CP không đề cập đến việc tính toán xác định giá trị lợi thế vị trí địa lý, không đánh giá quá cao về giá trị DN so với giá trị trên sổ sách kế toán nên hầu hết ngời lao động trong các DN CPH đều có điều kiện để mua CP, chủ trơng CPH đợc ngời lao động đồng tình, ủng hộ.
Trong thời gian thực hiện Nghị định 44/CP, tổng số DNNN trong toàn ngành dợc đã CPH là 61 doanh nghiệp, trong đó DNDNNTW CPH đợc 06 DN, DNDNN ĐP CPH đợc 55 DN. Hình thức bán toàn bộ phần vốn Nhà nớc tại DN đã bắt đầu đợc áp dụng trong giai đoạn này (với 04 DN CPH).