Hiện nay việc kiểm soát thanh toán vốn đầu tư XDCB thuộc NSNN tại hệ thống KBNN được áp dụng theo ba quy định: QĐ 297/QĐ-KBNN ban hành ngày 18/5/2007 (Quyết định ban hành quy trình kiểm soát thanh toán VĐT trong nước qua hệ thống KBNN), QĐ 25/QĐ-KBNN ban hành ngày 14/1/2008 Quyết định ban hành quy trình kiểm soát thanh toán VĐT ngoài nước, QĐ 1243/QĐ-KBNN Quyết định ban hành quy trình kiểm soát thanh toán VĐT thuộc xã, thị trấn qua hệ thống KBNN. Tuy nhiên nhiều dự án sử dụng cả vốn trong nước lẫn vốn nước ngoài nên rất khó trong việc quyết định áp dụng quyết định nào để thực hiện, các quyết định đôi khi lại chồng chéo, mâu thuẫn lẫn nhau. Do đó để đảm bảo tính đồng bộ, đề nghị nên sửa đổi bằng việc ban hành một quy trình thống nhất, trong đó ghi rõ đối tượng kiểm soát thanh toán là cả vốn trong nước và vốn nước ngoài đồng thời chia theo từng loại vốn như hiện nay gồm: vốn quy hoạch, vốn chuẩn bị đầu tư, vốn thực hiện đầu tư, vốn đề bù giải phóng mặt bằng và tái định cư như trong quy trình kiểm soát thanh toán vốn. Như vậy sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho CĐT trong việc chuẩn bị các hồ sơ xin thanh toán vốn ban đầu và hồ sơ bổ sung hàng năm. Đồng thời cũng tạo điều kiện cho cán bộ thanh toán KBNN dễ tra cứu, đối chiếu, quy trình thực hiện được nhanh gọn và rõ ràng hơn. Từ đó sẽ giảm thiểu những sai phạm trong việc chuẩn bị hồ sơ và trong việc kiểm soát thanh toán, đẩy nhanh tiến độ thực hiện dự án và tốc độ giải ngân vốn. Ngoài ra dự án do cấp nào phê duyệt thì do Kho bạc Nhà nước cấp đó quản lý, kiểm soát, còn nguồn vốn của cấp nào tham gia thì Kho bạc Nhà nước cấp đó thanh toán.