-Tiếp tục phát huy vai trò quan trọng của kiểm soát thanh toán trong công tác quản lý vốn đầu tư. Đảm bảo các khoản chi đúng mục đích, đúng đối tượng, và được sử dụng một cách hiệu quả góp phần giảm thiểu thất thoát lãng phí cho NSNN.
-Đổi mới toàn diện về cơ chế, chính sách và quy trình nghiệp vụ thanh toán kiểm soát VĐT thuộc phạm vi quản lý tài chính của Bộ TC sao cho đơn giản, hiện đại, công khai, minh bạch và phù hợp với thông lệ quốc tế trên nền tảng vận hành các hệ thống thông tin tài chính tích hợp nhằm quản lý chặt chẽ và sử dụng có hiệu quả các nguồn lực tài chính nhà nước phục vụ cho phát triển kinh tế xã hội. Tăng cường cải cách các thủ tục hành chính trong kiểm soát thanh toán vốn đầu tư, đảm bảo quy trình đơn giản, rõ ràng, minh bạch. Thực hiện kiểm soát chi NSNN theo cơ chế một cửa và xây dựng tiêu chuẩn ISO 9001-2000 để làm căn cứ đánh giá trong hoạt động này.
-Gắn công tác thanh toán vốn đầu tư với các khâu lập, phân bổ, kế toán, kiểm toán sao cho quy trình hoạt động đồng bộ, hiệu quả, ăn khớp và hoàn thiện. Công tác kiểm soát chi NSNN sẽ cải cách theo hướng thống nhất quy trình và tập trung đầu mối, gắn với việc phân cấp trách nhiệm, quyền hạn của các cơ quan tài chính, đơn vị chủ quản, KBNN và các đối tượng sử dụng vốn từ NSNN.
-Xây dựng khuôn khổ pháp lý về chức năng nhiệm vụ quyền hạn và tổ chức bộ máy của hệ thống kiểm tra, kiểm toán nội bộ, chế độ và quy trình kiểm toán nội bộ
để chuyển đổi hệ thống kiểm tra kiểm soát thành hệ thống kiểm tra, kiểm toán với 2 chức năng là : kiểm tra và kiểm toán nội bộ.
-Đảm bảo có đủ quyền lực cần thiết trong quá trình thực hiện nhiệm vụ nhằm phát hiện và xử lý kịp thời các dấu hiệu bất thường trong quá trình kiểm soát thanh toán vốn đầu tư.
-Xây dựng đội ngũ cán bộ thanh toán trung thực, có năng lực và trình độ, đảm bảo cho quá trình thanh toán kiểm soát vốn tiết kiệm, hiệu quả, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động đầu tư.
-Hiện đại hóa hệ thống công nghệ thông tin trong công tác kiểm soát, thanh toán để mọi quy trình được thực hiện đầy đủ, chính xác và nhanh chóng. Hơn nữa, theo định hướng phát triển của công tác kiểm soát thanh toán VĐT, đến năm 2010, hoạt động kiểm soát thanh toán trên toàn bộ hệ thống KBNN đều thực hiện trên các chương trình tin học, tạo thành một mạng nội bộ thống nhất.
-Tất cả các định hướng phát triển trên đều nhằm đạt được mục tiêu cốt lõi trong công tác kiếm soát thanh toán vốn như sau:
+Tiếp nhận hồ sơ: duy trì cơ chế một cửa theo quy định, quán triệt tinh thần kiểm tra ngay tính pháp lý của hồ sơ khi nhận từ khách giao dịch (ngày tháng, số liệu phù hợp, chữ ký, dấu ....)
+Kiểm soát: đúng chế độ theo từng quy trình. +Thanh toán: chuyển tiền nhanh chóng, an toàn.