Hiện nay, việc điều hành vĩ mô ở cấp các Bộ của Chính phủ, ngành sản xuất sữa do nhiều Bộ, nhiều ngành điều hành, chi phối nên khó thống nhất. Bộ Nông nghiệp và phát triểnnông thôn phụ trách phát triển bò sữa, Bộ Công nghiệp phụ trách chế biến sữa, Bộ Thơng mại cấp Quota nhập khẩu sữa… Đây là vấn đề khó trong điều hành sản xuất để cân đối giữa sản xuất sữa trong nớc và nhập khẩu sữa, gắn sản xuất với chế biến và thị trờng, nhằm đảm bảo quyền lợi của ngời sản xuất và ngời tiêu dùng. Vì vậy, để thực hiện đợc mục tiêu của Quy hoạch phát triển ngành Sữa phải có sự phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan có liên quan. Trớc hết các cơ quan quản lý nh Bộ Công nghiệp, Bộ Y Tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ khoa học công nghệ môi trờng, Bộ Thơng mại sớm đề ra chủ trơng biện pháp cần thiết để tăng cờng kiểm tra giám sát việc kinh doanh sữa.
Các cơ quan kiểm nghiệm nh Cục Kiểm tra vệ sinh an toàn thực phẩm (Bộ Y tế, Trung tâm y tế dự phòng) của các địa phơng quản lý chặt chẽ và nghiêm minh trong việc cấp giấy phép kinh doanh và kiểm tra thờng xuyên vệ sinh an toàn thực phẩm các cơ sở sản xuất. Chấm dứt hoạt động của các cơ sở không đảm bảo các tiêu chuẩn đề ra.
Đề nghị thành lập Hội đồng sữa quốc gia để điều hành và giải quyết những vấn đề chung của ngành nh chăn nuôi, sản xuất, tiêu thụ, xuất nhập khẩu sữa của cả nớc. Hội đồng sẽ phối hợp Hiệp hội sữa của thế giới để tiếp thu thành tựu và kinh nghiệm của cộng đồng quốc tế.