Công ty gặp phải những khó khăn sau:
- Tuy WTO mang lại nhiều thuận lợi cho doanh nghiệp Việt Nam nhưng đồng thời nó cũng mang đến không ít khó khăn cho các doanh nghiệp của ta.
- Trình độ phát triển kinh tế của nước ta còn thấp, tổng sản phẩm quốc dân và thu nhập quốc dân tính theo đầu người không cao.
- Chính sách quản lý của nhà nước ta tuy đã có nhiều cải cách trong những năm qua nhưng vẫn còn khá nhiều bất cập, thủ tục hành chính của nước ta vẫn chưa thật sự tạo
được thuận lợi cho các doanh nghiệp nói riêng và cả nền kinh tế - xã hội nước ta nói chung.
- Tệ lạm phát, tham ô tham nhũng vẫn thường xuyên xảy ra. Hiện tượng đút lót, đi cửa sau vẫn còn khá phổ biến trong xã hội.
- Trình độ phát triển khoa học, kỹ thuật của nước ta so với khu vực và thế giới còn khá lạc hậu.
- Chi phí cho vận tải ngày một tăng lên, đặc biệt là giá xăng dầu gần đây liên tục tăng giá.
- Nhà nước chưa thực sự có một cơ chế thật thông thoáng, bình đẳng và thuận lợi cho các doanh nghiệp kinh doanh nói chung và các doanh nghiệp vận tải như Phú Sơn nói riêng.
- Cơ chế thị trường tạo ra sự cạnh tranh gay gắt giữa các doanh nghiệp, đặc biệt là đối với một doanh nghiệp tư nhân như công ty Phú Sơn.
- Đặc biệt là ngày càng có nhiều doanh nghiệp tham gia vào hoạt động kinh doanh vận tải, dẫn đến ngày càng có nhiều đối thủ cạnh tranh của công ty.
- So với thị trường trong nước nói riêng và thị trường quốc tế nói chung đặc biệt nước ta lại vừa gia nhập tổ chức thương mại thế giới thì lượng vốn kinh doanh của công ty cũng còn rất hạn chế.