Mặc dù trong những năm qua hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty có nhiều tiến bộ, song công ty vẫn còn tồn tại một số những hạn chế sau:
- Chất lượng dịch vụ vận chuyển của công ty còn nhiều hạn chế. - Công ty chưa xây dựng hệ thống chỉ tiêu cho chất lượng dịch vụ. - Chưa xây dựng chính sách chất lượng.
- Doanh thu công ty trong giai đoạn vừa qua có tăng song chưa cao và chưa tương xứng với quy mô của doanh nghiệp.
- Hiệu quả sử dụng tổng vốn và vốn cố định của công ty đã giảm đi trong những năm qua. Cụ thể là TSLN trên tổng vốn năm 2000 là 0.029 trđ/trđ, đến năm 2003 còn 0.0212 trđ/trđ và năm 2006 là 0.0187 trđ/trđ. TSLN trên vốn cố định năm 2000 là 0.0331 trđ/trđ, đến năm 2003 còn 0.0228 trđ/trđ và năm 2006 thì chỉ còn 0.0201 trđ/trđ.
- Máy móc thiết bị còn chưa đáp ứng được những đòi hỏi đảm bảo chất lượng dịch vụ. - Công ty chưa có hệ thống quản lý chất lượng.
- Những cán bộ quản lý về chất lượng dịch vụ còn quá ít.
- Bộ phận kinh doanh và marketing sản phẩm hoạt động còn chưa thật hiệu quả và công ty còn chưa chú ý đến vấn đề marketing và quảng bá sản phẩm.
- Kinh nghiệm cạnh tranh trên thị trường trong nước nói riêng và thị trường quốc tế nói chung vẫm còn chưa tốt.
- Công ty chưa có sự quan tâm thích đáng đến hoạt động thống kê trong doanh nghiệp. Chính vì vậy mà bộ phận này hoạt động cũng chưa thực hiệu quả.
Doanh nghiệp ngoài ra, thiếu thông tin về pháp luật, thuế (hay thay đổi) về quy hoạch, môi trường thông tin, xúc tiến đầu tư nước ngoài.