Cơng tác hạch toán, kế toán và quản lý, sử dụng hoá đơn, chứng từ ảnh hưởng rất lớn đến cơng tác quản lý thuế GTGT. Bởi vì hố đơn, chứng từ là căn cứ pháp lý thực hiện việc kê khai, tính thuế GTGT, do đó, việc ghi chép sổ sách kế toán đầy đủ, thống nhất, sử dụng hoá đơn, chứng từ đúng quy định sẽ tạo điều kiện thu thuế đầy đủ, tránh nhầm lẫn, chống thất thu thuế, giúp cho quy trình tự kê khai, tự tính thuế của đơn vị giảm được sai sót, hạn chế được tình trạng gian lận. Việc thực hiện chế độ hố đơn, chứng từ trong tồn bộ nền kinh tế quốc dân có thể coi là điều kiện tiên quyết để thực hiện thuế GTGT, vì muốn xác định được GTGT của hàng hố, dịch vụ thì doanh nghiệp phải thực hiện ghi chép đầy đủ để xác định được đầu ra, đầu vào và phải có đầy đủ hoá đơn, chứng từ để chứng minh các số liệu đó.
Trình độ phát triển của quan hệ thanh tốn trong nền kinh tế cũng ảnh hưởng đến cơng tác quản lý thuế GTGT. Việc thanh tốn bằng tiền mặt như hiện nay đang gây khó khăn, chậm trễ cho cơng tác thu thuế, nếu hình thức thanh tốn khơng dùng tiền mặt phát triển thì việc thu nộp thuế sẽ đơn giản và hiệu quả hơn nhiều. Khi đó, ĐTNT có thể nộp thuế vào Kho bạc Nhà nước thơng qua các ngân hàng, cịn cán bộ quản lý thuế sẽ dễ dàng xác định được các hoạt động cũng như doanh thu và chi phí của ĐTNT thông qua hệ thống tài khoản của họ ở ngân hàng, điều đó sẽ làm giảm thời gian thu ngân sách, tránh được tình trạng chây ỳ của ĐTNT, hạn chế được tình trạng thất thu do bỏ sót khi tính thuế và hạn chế được tình trạng gian lận trong kê khai tính thuế của ĐTNT.