Từ sau Đại hội lần thứ VI Đảng Cộng sản Việt Nam, cùng với việc đổi mới nền kinh tế và sự hình thành cơ chế kinh tế mới, nhận thức về vai trò, chức năng kinh tế của nhà nước và hoạt động của bộ máy hành chính trong quản lý kinh tế đã có bước phát triển. Kết quả là, hệ thống thể chế hành chính mới từng bước hình thành bước đầu đáp ứng với yêu cầu quản lý nhà nước trong nền KTTT theo định hướng XHCN.
Theo hướng tạo môi trường pháp lý cho các hoạt động kinh tế, Nhà nước đã ban hành được các văn bản pháp luật kinh tế quan trọng như: Luật đầu tư nước ngoài; Luật khuyến khích đầu tư trong nước; Luật doanh nghiệp tư nhân; Luật doanh nghiệp nhà nước; Luật phá sản doanh nghiệp; Luật đất đai; Luật ngân sách nhà nước; Luật lao động; Luật hình sự và Luật dân sự...
Các thể chế kinh tế mới đã hướng tới việc giải phóng và phát triển sức sản xuất, các nguồn lực trong và ngoài nước, tạo môi trường thuận lợi cho tự chủ sản xuất, kinh doanh. Các thành phần kinh tế, các doanh nghiệp và nhân dân đã có cơ hội để làm ăn và phát triển sản xuất. Các thể chế đó đã từng bước phân định chức năng hành chính và chức năng kinh doanh giữa quản lý nhà nước với hoạt động sản xuất kinh doanh của các chủ thể. Nhờ vậy, năng lực sản xuất của xã hội được giải phóng, tạo tốc độ tăng trưởng kinh tế tương đối cao và khả năng hội nhập nền kinh tế Việt Nam vào kinh tế thế giới. Quyền lực của nhà nước được củng cố và tăng cường hơn trước đây.
Nhà nước đã từng bước chuyển đổi và hoàn thiện những biện pháp, quy chế đảm bảo quyền làm chủ thực sự và lợi ích chính đáng của nhân dân, phù hợp với quá trình mở rộng các quan hệ thị trường. Bảo đảm nhà nước ngày càng gần dân hơn.
Trong quản lý kinh tế, tổ chức bộ máy và phương thức hoạt động của hệ thống hành chính nhà nước đã thường xuyên đổi mới. Song song với việc cải cách hành chính, từng bước thay đổi quan trọng về chức năng, nhiệm vụ của Chính phủ, các bộ, ngành và cơ quan hành chính địa phương các cấp phù hợp với cơ chế kinh tế mới.
Theo đó, bộ máy hành chính từng bước được đổi mới điều chỉnh bổ sung theo yêu cầu quản lý nhà nước trong nền KTTT: Chuyển dần sang thực hiện chức năng quản lý nhà nước, làm rõ chức năng quản lý vĩ mô của Chính phủ đối với quá trình phát triển kinh tế - xã hội. Các bộ đã tập trung nhiều hơn vào công tác xây dựng chính sách. Chính phủ đã chỉ đạo các bộ ngành xây dựng và thực hiện chiến lược, quy hoạch, kế hoạch phát triển tổng thể kinh tế xã hội của cả nước và từng ngành, vùng và toàn lãnh thổ. Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra việc chấp hành và tổ chức thực hiện của các đơn vị kinh tế, coi đây là một trong những biện pháp chủ yếu của quản lý vĩ mô. Đã phân biệt được và đã tách quản lý nhà nước của các cơ quan hành chính ra khỏi quản lý sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp. Nhờ vậy các cơ quan hành chính đã dần dần làm đúng vai trò chức năng của cơ quan công quyền, giảm bớt sự can thiệp không đúng chức năng thẩm quyền vào quá trình sản xuất kinh doanh.
Cơ quan hành chính địa phương cũng chuyển dần sang thực hiện chức năng quản lý hành chính nhà nước, tập trung vào công tác xây dựng quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội trên địa bàn, thực hiện quản lý theo Luật...
Tuy nhiên, hoạt động của bộ máy nhà nước trong quản lý hành chính kinh tế ở Việt Nam vẫn còn bộc lộ những thiếu sót khuyết điểm. Nền hành chính đến nay vẫn chưa đáp ứng đầy đủ được đòi hỏi của phát triển kinh tế, xây dựng nhà nước pháp quyền, mở cửa hội nhập và phục vụ nhân dân. Những khuyết điểm đó thể hiện ở chỗ: Văn bản quy phạm pháp luật còn nhiều bất cập, không hợp lý, nặng về số lượng, nội dung chất lượng không cao, thời gian kéo dài, không đồng bộ. Quản lý hành chính vẫn mang tính quan liêu, chưa hướng mạnh vào xây dựng các cơ chế phục vụ, huy động tiềm năng, sức mạnh của dân và các doanh nghiệp, các tổ chức kinh tế trong xã hội, nhiều nội dung chưa rõ, chưa nhất quán. Hệ thống luật pháp, nhất là luật về hoạt động kinh tế vẫn nặng về các giải pháp tình thế, không ổn định, luôn bị động trước yêu cầu phát triển nhanh của thực tiễn. Những quy định, quy phạm ở lĩnh vực phục vụ cung cấp dịch vụ cho các thành phần kinh tế, các doanh nghiệp và nhân dân chưa thật sự bảo đảm để người dân được hưởng các dịch vụ của nhà nước. Tệ quan liêu, cửa quyền, xin cho,
lệch lạc trong hưởng thụ các loại dịch vụ do nhà nước cung cấp vẫn còn nặng nề. Hoạt động của bộ máy hành chính kinh tế vẫn còn nhiều bất cập, chưa thể hiện đúng vai trò, chức năng của nhà nước trong thời kỳ chuyển đổi. Trong khi xây dựng các thể chế, chưa tạo đủ sự rành mạch giữa hành chính với doanh nghiệp, giữa hành chính với sự nghiệp, giữa trung ương với địa phương, thậm chí có biểu hiện rối loạn về tổ chức, chức năng, trật tự kỷ cương. Trong hoạt động kinh tế còn nhiều thủ tục phiền hà làm ách tắc hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp, dân cư... Thiếu sự nhất quán giữa trung ương và địa phương, còn nhiều biểu hiện "phép vua thua lệ làng"...
Môi trường pháp lý tuy đã được thiết lập, hệ thống pháp luật đã hình thành nhưng đi vào thực tế hoạt động còn nhiều bất cập, nhất là giữa trung ương và địa phương... Còn bộc lộ nhiều thiếu sót, thiếu bình đẳng giữa các doanh nghiệp nhà nước và tư nhân dẫn dến hạn chế tiềm năng phát triển lực lượng sản xuất...