Theo quy định tại Nghị định 187/2004/NĐ-CP ngày 16/11/2004 của Chính phủ về việc chuyển công ty nhà nước thành công ty cổ phần có các phương pháp xác định giá trị doanh nghiệp như sau:
Phương pháp theo giá trị tài sản; Phương pháp chiết khấu dòng tiền; Các phương pháp khác.
Theo hướng dẫn tại Nghị định 187/2004/NĐ-CP ngày 16/11/2004 của Chính phủ về việc chuyển công ty nhà nước thành công ty cổ phần và căn cứ đặc thù của đơn vị, việc xác định giá trị doanh nghiệp và phần vốn nhà nước tại Tổng Công ty sẽ áp dụng phương pháp theo giá trị tài sản. So với các phương pháp xác định giá trị khác như phương pháp chiết khấu dũng tiền và phương pháp so sánh, phương pháp theo giá trị tài sản là phù hợp hơn cả do các nguyên nhân sau đây:
+ Tổng công ty VINACONEX là doanh nghiệp hoạt động chủ yếu trong lĩnh vực sản xuất kinh doanh, đầu tư và xây lắp. Giá trị doanh thu của các hoạt động này chiếm 91,4% trên tổng doanh thu toàn Tổng công ty trong khi doanh thu từ các hoạt động dịch vụ, tư vấn thiết kế chỉ chiếm 9,6%.
+ Việc áp dụng phương pháp theo dũng tiền chiết khấu trong thực tiễn của VINACONEX là không phù hợp do đặc thù của hoạt động sản xuất kinh doanh và sự biến động không đều của tăng trưởng doanh thu và lợi nhuận. Lợi nhuận sau thuế có sự tăng đột biến từ 28,9 tỷ năm 2002 lên 422,3 tỷ năm 2003 do lói từ hoạt động đầu tư kinh doanh bất động sản. Ngoài ra, từ nay đến 2008, VINACONEX đang trong giai đoạn tập trung đầu tư vào các dự án xây dựng cơ cở hạ tầng lớn, nhu cầu về vốn tăng nhiều lần so với các năm trước, lợi nhuận trong giai đoạn này sẽ giảm đáng kể, (chưa tính đến việc có thể sẽ bị lỗ) do phải gánh chịu các chi phí vốn vay đầu tư. Tính toán tỷ lệ tăng trưởng và lợi nhuận thực tế cho giai đoạn này sẽ khó thực hiện, vỡ vậy, cỏc dữ liệu đầu vào phục vụ xác định giá trị theo dũng tiền chiết khấu bị hạn chế, thiếu chính xác.
+ Đối với phương pháp so sánh, việc tỡm ra một tổng cụng ty cú đặc thù hoạt động kinh doanh và các tiêu chí quản lý tương tự VINACONEX trong ngành xây dựng Việt Nam là khó có thể thực hiện được.
Tuy nhiên, mặc dù đã lựa chọn phương pháp theo giá trị tài sản để xác định giá trị doanh nghiệp của Tổng công ty nhưng cách xác định theo phương pháp này vẫn chưa được các cơ quan có thẩm quyền chấp thuận chính thức hoặc có văn bản hướng dẫn cụ thể về vấn đề này.