Công ty thuốc lá Bến Tre là một doanh nghiệp nhà nước được thành lập vào tháng 3 năm 1987. Lúc đầu Công ty chỉ là một cơ sở nhỏ nằm trên đường 3 tháng 2, phường 2, thị xã Bến Tre. Đến năm 1988, cơ sở được nâng cấp thành xí nghiệp thuốc lá thị xã dưới sự quản lý của Công an thị xã nhưng quy mô vẩn còn nhỏ và chủ yếu là sản xuất bằng thủ công.
Xí nghiệp thuốc lá thị xã qua nhiều năm hoạt động đã không ngừng phấn
đấu vươn lên thành một đơn vị sản xuất kinh doanh lớn, có sản lượng tiêu thụ
mạnh.
Ngày 22/9/1990, Ủy Ban Nhân dân Thị xã đã ký Quyết định 426/QĐ-UB chính thức đổi tên Xí nghiệp thuốc lá Bến Tre thành nhà máy thuốc lá Bến Tre. Nhà máy hoạt động sản xuất kinh doanh dưới sự quản lý trực tiếp của Ủy Ban Nhân dân Thị xã, là một đơn vị hạch toán độc lập có tư cách pháp nhân được phép sử dụng con dấu riêng, mở tài khoản tại ngân hàng Công thương Bến Tre. Ngày 22/01/1993, theo Quyết định 06/QĐ-UB của Ủy Ban Nhân dân Tỉnh Bến Tre, Nhà máy thuốc lá Bến Tre được chuyển từ trực thuộc Ủy Ban Nhân dân Thị xã sang trực thuộc Sở Công nghiệp Bến Tre và chịu sự quản lý của Ủy Ban Nhân dân Tỉnh Bến Tre. Trụ sở Nhà máy lúc này được dời về tại số 90A3, Quốc lộ 60, phường Phú Khương, thị xã Bến Tre.
Đầu năm 2006, Nhà máy thuốc lá Bến Tre đã đổi tên thành Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên, vẫn là doanh nghiệp nhà nước nhưng với loại hình là công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên.