Khác với lý luận, giai đoạn thực hiện kế hoạch của VNFC không có bước Đánh giá hệ thống kế toán và KSNB vì phần này đã được tiến hành kỹ lưỡng tại giai đoạn lập hoạch kiểm toán. Trong giai đoạn này, KTV tiến hành:
* Ước tính thuế GTGT đầu ra, đầu vào
KTV ước tính số thuế GTGT thông qua các mô hình, mà ở đó càng cố định được các hệ số để đảm bảo tính chính xác trong năm. Vì vậy, có sự khác biệt giữa đơn vị được đã được kiểm toán và kiểm toán lần đầu:
- Với đơn vị kiểm toán lần đầu: KTV phải tiến hành ước tính thuế GTGT từ ban đầu theo biểu ước tính thuế GTGT đầu vào ra tại biểu 5,6 - Phục lục)
- Với đơn vị đã được kiểm toán, kiểm tra: KTV dựa vào số thuế GTGT hoặc biên bản quyết toán thuế để ước lượng thông qua tỷ lệ tăng doanh thu hay doanh số mua vào.
* Kiểm tra tổng thể đối với khoản mục thuế GTGT:
Thông tin trên BCTC là thông tin đã được thu thập, xử lý, ghi chép từ các phần nghiệp vụ liên quan, tổng hợp từ các sổ chi tiết, sổ phụ và các tài liệu liên quan khác. Do đó, kiểm tra tổng thể đối với khoản mục thuế GTGT cần xem xét tính nhất quán giữa các sổ chi tiết TK 1331, TK 1332 với sổ tổng hợp TK 133; giữa sổ chi tiết TK 33311, TK 33312 với sổ tổng hợp TK 3331, giữa bảng kê chi tiết với tờ khai thuế GTGT hàng tháng,… bằng các phương pháp so sánh, đối chiếu, phân tích tổng quát,… Nếu phát hiện sự chênh lệch ở mức độ lớn thì cần tiến hành ngay những thủ tục tiếp theo để thu thập bằng chứng lý giải cho sự chênh lệch đó và chuyển sang bước tiếp theo.
* Kiểm tra chi tiết đối với khoản mục thuế GTGT:
Tùy thuộc vào tính chất, đặc điểm của nghiệp vụ mà tiến hành kiểm tra toàn bộ hay kiểm tra chọn mẫu đại diện. Ví dụ: Trong số các nghiệp vụ liên quan đến thuế GTGT thì số lượng các nghiệp vụ mua TSCĐ phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT thường ít nhưng số tiền lại rất lớn do dó, có thể tiến hành kiểm tra chi tiết 100% các nghiệp vụ này. Đối với các nghiệp vụ mua vào hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT trong kỳ thường là rất nhiều nên có thể chỉ tiến hành kiểm tra chọn mẫu đại diện đối với các nghiệp vụ có giá trị lớn, bất thường,… Tất cả những thủ tục thích hợp sẽ được tiến hành nhằm kiểm tra, các cơ sở dẫn liệu như tính có thật, tính đúng kỳ, sự đánh giá, sự phân loại, sự tính toán và sự trình bầy của khoản mục thuế GTGT. Từ đó đưa ra kết luận về tính trung thực và hợp lý của khoản mục thuế GTGT trên BCTC ở bước tiếp theo.