Với đặc thù công ty hợp danh, mô hình hoạt động của Công ty tuân theo quy định tại Luật doanh nghiệp số 13/1999/QH ngày 12/6/1999. Công ty tổ chức bộ máy quản lý tập trung dưới sự chỉ đạo thống nhất của Hội đồng thành viên và Ban tổng giám đốc. Mô hình tổ chức bộ máy của Công ty như sau:
Biểu 2.2: Mô hình quản lý của VNFC
Chú thích: : Quan hệ trợ giúp
: Quan hệ cấp trên chỉ đạo
Đứng đầu công ty là hội đồng thành viên: bao gồm tất cả thành viên hợp danh, làm việc theo chế độ tập thể, mỗi người có một phiếu biểu quyết. Các quyết định được đưa ra khi có sự nhất trí của 2/3 số lượng thành viên. Quy chế hoạt động của Hội đồng do Hội đồng quyết định.
Ban kiểm soát: là một bộ phận giúp việc cho Hội đồng thành viên nhằm giám sát hoạt động của công ty.
Hội đồng khoa học: gồm những nhà khoa học có uy tín nghề nghiệp quyết định các vấn đề nghiệp vụ còn đang tranh luận trong ban tổng giám đốc. Các ủy viên hội đồng khoa học do công ty mời tham gia. Đặc biệt công ty còn có chuyên gia người Pháp - Ông Bruno Latanicki - thường xuyên cập nhật những thông tin mới nhất về kế toán - kiểm toán trên thế giới nhằm trợ giúp cho lãnh
Phạm Thị Bích Thu - Kiểm toán 44 - 43 -
Hội đồng thành viên
Ban Tổng Giám đốc
Ban kiểm soát Hội đồng khoa học
Các trung tâm thuộc VNFC: - Văn phòng VNFC Hà Nội 1 - Văn phòng VNFC Hà Nội 2 - Trung tâm Kiểm toán Quốc gia Miền Nam.
Các phòng ban thuộc VNFC: Ban hành chính tổng hợp
Ban Tài chính kế toán Ban pháp chế - Thanh tra Ban công nghệ thông tin Ban hợp tác quốc tế Ban đào tạo tư vấn Ban quản lý chất lượng
đạo và nhân viên các kỹ năng quản lý cũng như nghiệp vụ chuyên sâu tiên tiến của quốc tế trong hoạt động nghề nghiệp.
Ban tổng giám đốc: gồm một Tổng Giám đốc và hai phó Tổng giám đốc. Giám đốc là người giữ vai trò điều hành chung, hai Phó Giám đốc chịu trách nhiệm hỗ trợ Giám đốc hoàn thành nhiệm vụ. Các thành viên của Ban Giám đốc là những người trực tiếp đánh giá rủi ro của cuộc kiểm toán và quyết định ký hợp đồng kiểm toán, là người thực hiện soát xét cuối cùng đối với mọi hồ sơ kiểm toán và cũng là người đại diện Công ty ký phát hành báo cáo kiểm toán, thư quản lý.
Các phòng ban: gồm 7 phòng ban nằm tại trụ sở chính của công ty, mỗi phòng ban đều bao gồm trưởng ban, phó ban, nhân viên và có nhiệm vụ cụ thể khác nhau. Tuy nhiên do mới thành lập nên hiện nay, các phòng ban ngoài nhiệm vụ của mình vẫn kiêm nhiệm thêm công tác kiểm toán trừ ban hành chính tổng hợp.