Thứ nhất, Mụi trường đầu tư (Cơ sở hạ tầng và hệ thống phỏp luật) và mụi trường thương mại (Cơ chế, chớnh sỏch và thủ tục xuất nhập khẩu) ở Việt Nam vẫn chưa thực sự thu hỳt và hấp dẫn mạnh mẽ cỏc doanh nghiệp EU vào đầu tư kinh doanh tại Việt Nam. Mụi trường đầu tư chưa tạo thuận lợi cho hoạt động thu hỳt đầu tư và xỳc tiến thương mại, cơ sở hạ tầng khụng thuận lợi cho sự phỏt triển lõu dài của cỏc nhà đầu tư thủ tục hành chớnh rườm rà, phỏp luật chồng chộo khiến cỏc nhà đầu tư khú ỏp dụng đỳng luật.
Thứ hai, Cơ cấu hàng xuất khẩu của Việt Nam sang thị trường EU chưa hợp lý, chủ yếu ở dạng nguyờn liệu thụ mới qua sơ chế và một số hàng cụng nghiệp nhẹ, hàng gia cụng. Cỏc hàng này chủ yếu sử dụng nhiều lao động và tài nguyờn thiờn nhiờn. Mức thặng dư thương mại EU - Việt Nam khỏ lớn nhưng hiệu quả kinh tế thu được cũn hạn chế. Hỡnh thức xuất khẩu hàng hoỏ của Việt Nam sang EU cũn giản đơn: chủ yếu dưới hỡnh thức xuất khẩu trực tiếp và qua trung gian, chưa gắn liền với cỏc hỡnh thức hợp tỏc kinh doanh khỏc, đặc biệt với đầu tư, liờn doanh, liờn kết và hỗ trợ phỏt triển chớnh thức ODA.
Thứ ba, Cỏc doanh nghiệp Việt Nam cũn non nớt trong kinh nghiệm thương trường, thậm chớ cũn bỡ ngỡ với thị trường chõu Âu. Phần lớn cỏc doanh nghiệp đều biết rất ớt cỏc tiờu chuẩn kỹ thuật và tiờu chuẩn mụi trường quốc tế, mặc dự họ đang phải đỏp ứng hàng ngày rất nhiều loại yờu cầu về chất lượng khỏch hàng. Hệ thống sản xuất khụng đủ linh hoạt để đăp ứng tất cả yờu cầu đặc thự của cỏc nước bạn. Tất cả cỏc doanh nghiệp đều cho rằng cỏc yờu cầu, quy định của nước nhập khẩu là rất cao gõy ảnh hưởng đến việc thõm nhập thị trường như lượng chất khỏng sinh Chloramphenicol 0,003 phần tỷ là quỏ nghiờm ngặt, khụng cú đủ khả năng thực hiện. Tuy nhiờn, khụng cú sự đỏnh giỏ cụ thể về cỏc quy định được ỏp dụng. Vấn đề mụi trường mới chỉ được doanh nghiệp đề cập đến dưới gúc độ bảo vệ mụi trường trong quỏ trỡnh sản xuất. Nhiều doanh nghiệp vi phạm cỏc quy định VSATTP do chưa đỏp ứng cỏc quy định và tiờu chuẩn, chưa đủ tiờu chuẩn xuất khẩu sang EU. Cỏc doanh nghiệp chưa cú sự phối hợp tốt với nhau. Việc ỏp dụng chớnh sỏch trợ cấp cũng ớt phỏt huy hết tỏc dụng của nú.
Nguyờn nhõn xuất phỏt từ thực hiện chớnh sỏch:
Do nhận thức vai trũ nụng nghiệp chưa đầy đủ, cũng như cỏc chớnh sỏch trợ cấp nụng nghiệp thủ tục rườm rà, gõy khú hiểu, khú ỏp dụng cho cỏ nhõn và tổ chức. Hiểu sai trợ cấp tức cho khụng nờn tõm lý cũn ỷ lại vào Nhà nước qua cỏc chớnh sỏch bảo hộ.
Xõy dựng và thực hiện cỏc biện phỏp phi thuế quan đối với một số nụng sản chủ yếu của Việt Nam chưa phự hợp với EU. Chưa cú kinh phớ thớch đỏng, nguồn nhõn lực cú kinh nghiệm hỗ trợ cho việc nghiờn cứu hoạch định chớnh sỏch này một cỏch bài bản, khoa học. Chưa cú một kế hoạch, hoạch định với biện phỏp cụ thể và theo sỏt với tiờu chuẩn thụng lệ quốc tế: đặc biệt cỏc tiờu chuẩn chất lượng, mụi trường của mặt hàng nụng sản.
Cỏc biện phỏp xử phạt trong việc vi phạm xuất nhập khẩu hàng nụng sản, trong thực hiện trợ cấp khụng nghiờm ngặt. Cơ quan tổ chức nhà nước chưa kiểm tra sỏt sao.