Hiện nay sự phối hợp gia các Bộ, các Ngành trong việc thực hiện chính sách thuế xuất nhập khẩu còn nhiều bất cập, cha thống nhất. Do vậy nhiều quy định của Luật thuế xuất nhập khẩu không đợc thực hiện hoặc có thực hiện nhng kết quả còn hạn chế. Chẳng hạn nh trong Luật sửa đổi, bổ sung Luật thuế xuất nhập khẩu ( Luật số 04) có bổ sung thêm một số biện pháp cỡng chế thuế, tạo điều kiện cho các cơ quan hải quan có thâm công cụ khắc phục tình trạng nợ đọng thuế kéo dài nh: trích tiền gửi ngân hàng, giữ hàng hóa, kê biên tài sản...nhng do thiếu sự phối hợp với phía Ngân hàng và các tổ chức tín dụng nên biện pháp này cha đem lại kết quả cao.
Đồng thời cơ chế chức năng của các Bộ, Ngành trong việc thực hiện chính sách thuế xuất nhập khẩu xảy ra hiện tợng chồng chéo, khiến việc làm thủ tục cho một lô hàng xuất nhập khẩu vừa rờm rà vừa phức tạp lại gặp nhiều sơ hở.
Luật thuế xuất nhập khẩu hiện hành quy định tổ chức, cá nhân mỗi lần có hàng hóa đợc phép xuất khẩu, nhập khẩu phải lập tờ khai và đăng ký với cơ quan hải quan. Trong thời hạn 8 giờ ( giờ làm việc), cơ quan hải quan sẽ ra thông báo chính thức cho đối tợng nộp thuế về số thuế phải nộp. Thực tế trong hoạt động xuất nhập khẩu cho thấy với thời hạn ngắn nh vậy, cơ quan hải quan khó có thể đa ra đ- ợc thông báo chính xác về số thuế phải nộp. Nếu có kéo dài thời gian thì cũng khó xác định thời gian bao nhiêu là đủ cho thực tế từng lô hàng xuất nhập khẩu.
Trong thực tế xuất nhập khẩu của ta đã cho thấy nhiều trờng hợp hàng đã xuất khẩu nhng lại nhập khẩu trở lại Việt Nam hoặc đã nhập khẩu nhng lại xuất khẩu trở lại nớc ngoài. Luật thuế xuất nhập khẩu hiện hành cha có quy định cụ thể trờng hợp này.