Tuỳ theo loại hình hàng hóa xuất nhập khẩu, thời hạn nộp thuế đợc quy định khác nhau, cụ thể:
- Đối với hàng xuất khẩu: thời hạn là 15 ngày, kể ừ ngày đối tợng nộp thuế nhận đợc thông báo chính thức số thuế phải nộp từ cơ quan thu thuế.
- Đối với hàng hóa nhập khẩu mậu dịch: Thời hạn là 30 ngày kể từ ngày đối t- ợng nộp thuế nhận đợc thông báo chính thức số thuế phải nộp từ cơ quan thu thuế.
- Đối với hàng nhập khẩu phi mậu dịch và tiểu ngạch biên giới: phải nộp ngay khi xuất hàng ra nớc ngoài hoặc nhập khẩu hàng vào Việt Nam.
Riêng trờng hợp hàng là vật t, nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu, thì thời hạn nộp xong thuế đợc quy định cho từng ngành nghề sản xuất cụ thể, nhng chậm nhất không quá 90 ngày kể từ ngày đối tợng nộp thuế nhận đợc thông báo chính thức của cơ quan thu thuế về số thuế phải nộp. Chính phủ quy định chi tiết thời hạn cụ thể đợc áp dụng cho từng ngành nghề sản xuất.
f) Xử lý vi phạm các quy định về thuế xuất nhập khẩu
- Phạt nộp chạm thuế: quá thời hạn quy định trên đây, mỗi ngày chậm nộp thì đối tợng nộp thuế bị phạt 0,2% ( hai phần nghìn) số thuế phải nộp.
- Trong trờng hợp đối tợng nộp thuế chậm nộp thuế quá 90 ngày thì cơ quan Hải quan không đợc làm hủ tục xuất khẩu, nhập khẩu cho chuyến hàng tiếp theo của đối tợng nộp thuế và Bộ Thơng mại và Du lịch không đợc cấp giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu cho đến khi đối tợng đó nộp đủ thuế.
- Đối tợng nộp thuế có hành vi gian lận trong việc nộp thuế thì bị phạ tiền từ 2 đến 5 lần số thuế gian lận.