Quản lý chất thải y tế là hoạt động quản lý việc phân loại, xử lý ban đầu, thu gom, vận chuyển, lưu giữ, giảm thiểu, tái sử dụng, tái chế, xử lý, tiêu huỷ chất thải y tế và kiểm tra, giám sát thực hiện. Giống như các loại chất thải khác thì việc quản lý chất thải y tế cũng chia thành 3 công đoạn : thu gom, vận chuyển và xử lý.
2.1 Thu gom
Thu gom CTYT tại nơi phát sinh là quá trình phân loại, tập hợp, đóng gói và lưu giữ tạm thời chất thải phát sinh chất thải trong cơ sở y tế. Thu gom chất thải được tính từ khi chất thải phát sinh ra đến khi chất thải cộng với thời gian chất thải được lưu giữ tại kho lưu giữ. Phân loại là việc phân các CTYT vào các nhóm khác nhau tuỳ theo đặc tính hoá học, sinh học của chúng. Việc phân loại chất thải ngay tại nguồn có ý nghĩa quan trọng giúp cho việc xử lý chất thải sau này được thuận lợi bởi mỗi loại chất thải khác nhau sẽ có phương pháp xử lý khác nhau. Phân loại chất thải còn giúp cho cơ sở y tế có thể tái sử dụng, tái chế lại những dụng cụ y tế thích hợp nhờ đó hạn chế được lượng chất thải đưa đi xử lý. Trên cơ sở CTYT đã được phân loại ở trên các hộ lý, nhân viên vệ sinh sẽ tiến hành đóng gói cho chất thải vào các túi, thùng nhất định với những màu sắc
khác nhau đảm bảo cho chất thải được đưa đi xử lý đúng nơi quy định. Đóng gói sẽ hạn chế chất thải bị rơi vãi trên đường vận chuyển từ nguồn phát sinh xuống nơi lưu giữ hay vận chuyển từ nơi lưu giữ ra nơi tiêu thụ. Lưu giữ chất thải trong cơ sở y tế là khoảng thời gian chất thải được lưu tại các nhà kho, thời gian này được tính từ khi chất thải được chuyển từ nguồn phát sinh cho đến khi chất thải được đưa ra nơi xử lý cuối cùng. Chất thải dùng với mục đích tái sử dụng và tái chế sẽ được lưu giữ riêng, nơi lưu giữ chất thải thường được bố trí cách xa nhà ăn, buồng bệnh, lối đi công cộng và những khu vực tập trung đông người. Nhà lưư giữu chất thải thường có mái che, có hàng rào bảo vệ xung quanh để hạn chế sự tiếp xúc của con người và các loại côn trùng xâm nhập. Tùy vào khối lượng chất thải phát sinh mà mỗi cơ sở y tế xây dựng nhà chứa rác thải với diện tích phù hợp.
2.2 Vận chuyển
Vận chuyển chất thải là quá trình chuyên chở chất thải từ nơi phát sinh đến nơi xử lý ban đầu, lưu giữ và tiêu hủy. Vận chuyển chất thải gồm có 2 quá trình vận chuyển riêng biệt. Thứ nhất là vận chuyển trong các cơ sở y tế thường được thực hiện bởi hộ lý của các khoa, phòng hay nhân viên vệ sinh cử bệnh viện. Chất thải được vận chuyển từ nguồn phát sinh đến nơi lưu giữ ít nhất 1 lần/ ngày và vận chuyển khi cần thiết. Tùy vào điều kiện thực tế của mỗi cơ sở mà việc vận chuyển CTYT có thể bằng các xe chuyên dụng hay xách tay. Trong quá trình vận chuyển phải đảm bảo không gây ảnh hưởng tới hoạt động chung của bệnh viện và không làm rơi vãi chất thải ra bên ngoài. Thứ hai là vận chuyển chất thải bên ngoài cơ sở y tế, các cơ sở y tế có thể ký hợp đồng với cơ sở có tư cách pháp nhân trong việc vận chuyển và tiêu hủy chất thải. Nếu địa phương
chưa có đơn vị chuyên về vận chuyển chất thải thì nhân viên bệnh viện phải chịu trác nhiệm vận chuyển CTYT ra nơi tiêu hủy. CTYTNH trước khi vận chuyển phải được đóng gói vào trong các thùng để tránh bị bục hoặc vỡ trên đường vận chuyển. Phải có các phương tiện chuyên dụng để vận chuyển chất thải bên ngoài cơ sở y tế, chúng phải được tẩy uế khử trùng sau mỗi lần vận chuyển.
2.3 Xử lý
Xử lý ban đầu là quá trình khử khuẩn hoặc tiệt khuẩn các chất thải có nguy có lây nhiễm cao tại nơi phát sinh trước khi chuyển tới nơi lưu giữ hoặc tiêu hủy. Mục đích của xử lý ban đầu là giảm tính độc hại của chất thải trước khi trước khi cho đi xử lý cuối cùng
Xử lý và tiêu hủy chất thải là quá trình sử dụng công nghệ nhằm cô lập nhằm làm mất khả năng nguy hại đối với môi trường và sức khỏe con người. Có rất nhiều phương pháp xử lý CTYT đang được áp dụng, mỗi phương pháp lại có những ưu điểm, nhược điểm khác nhau. Dựa trên những điều kiện thực tế mà mỗi cơ sở y tế sẽ lựa chọn một mô hình xử lý chất thải cho phù hợp nhằm mục đích chi phí bỏ ra là tối thiểu nhưng hiệu quả thu về là lớn nhất.