Vườn Quốc Gia Pù Mát là khu rừng gần như nguyên sinh, đa dạng sinh học rất cao, còn tồn tại nhiều loại gỗ quý hiếm. Vì vậy, Pù Mát là một trong những mục tiêu khai thác của bọn lâm tặc.Việc khai thác gỗ trái phép với quy mô vẫn đang diễn ra dọc các thung lũng bờ sông trong Vườn Quốc Gia, tại một số khu vực việc khai thác gỗ đang làm thay đổi cấu trúc rừng và đe doạ
nghiêm trọng đến quần thể của một số loại cây gỗ quan trọng, kể cả các loài bị đe doạ tuyệt chủng trên toàn cầu như Pơ mu và các loại cây họ dầu. Việc khai thác phong lan và song mây cũng đe doạ xoá sổ các loài này trong Vườn Quốc Gia (Grieser Johns,2000).
Mối đe dọa lớn nhất đối với quần thể các loài động vật trong Vườn Quốc Gia, đặc biệt là các loài khỉ, rùa, gấu, rắn là tình trạng săn bắt cung cấp cho hoạt động buôn bán động vật hoang dã (SFNC/TRAFFIC 1999, SFNC 2003b).
Đánh bắt cá bên trong vùng đệm của Vườn Quốc Gia cũng tiềm ẩn mối đe doạ đến sản lượng cá. Cá trong Vườn Quốc Gia là nguồn cung cấp Protein chính cho các làng ở khu vực vùng đệm (SFNC, 2001).
Các mối đe doạ đến đa dạng sinh học ở Vườn Quốc Gia bao gồm phá rừng làm nương rẫy và khai thác vàng. Phá rừng làm nương rẫy thật sự nghiêm trọng ở phân khu Khe Khặng của Vườn Quốc Gia do sư di chuyển ngày càng sâu của dân cư vào trong khu vực Vườn Quốc Gia.
Khai thác vàng trái phép đang ngày càng được nhân rộng nhưng không phải trong tất cả diện tích của Vườn Quốc Gia. Việc đào vàng chủ yếu được dân cư sống bên ngoài khu vực vùng đệm Vườn Quốc Gia tiến hành và chủ yếu tập trung dọc Khe Thơi phía Tây Bắc. Việc khai thác này đã làm thay đổi cấu trúc hình dáng bờ sông suối và gây sạt lở, tăng lượng trầm tích trong nước ( Lê Trọng Cúc cùng đồng sự, 1998).