Nhận thức được tầm quan trọng của hệ thống thanh toán ngân hàng đối với nền kinh tế, ngay từ những năm đổi mới, chuyển sang ngân hàng hai cấp, ngành Ngân hàng đã xác định đầu tư cho hiện đại hóa hệ thống thanh toán là trọng tâm của hiện đại hóa ngân hàng. Với định hướng phát triển đúng đắn đó, hệ thống Ngân hàng Việt Nam đã ưu tiên nhiều nguồn lực, cùng với sự tài trợ của WB đầu tư để xây dựng hệ thống TTĐTLNH và các hệ thống Corbanking của các NHTM. Với sự trợ giúp của các chuyên gia hàng đầu về hệ thống thanh toán hiện đại của WB, Ngân hàng Việt Nam đã lựa chọn được mô hình hệ thống cho riêng mình, dựa trên kỹ thuật, công nghệ hiện đại. Các hệ thống này được thiết kế và xây dựng theo giải pháp tập trung hóa tài khoản kết nối trực tuyến qua các mạng diện rộng (WAN), xử lý tức thời (Online). Kể từ khi hình thành dự án đến khi kết thúc là một thời gian dài và không ít khó khăn phải vượt qua. Nhưng khó khăn không phải là yếu tố kỹ thuật mà do phải học hỏi kinh nghiệm quản lý và triển khai dự án, công tác cải tiến các cơ chế nghiệp vụ cho phù hợp với ứng dụng công nghệ hiện đại, thiết lập hệ thống pháp lý cho hệ thống hoạt động theo phương thức điện tử, xác định mô hình quản lý vận hành. Thực tế, hệ thống kỹ thuật công nghệ mới đã tạo ra một bước nhảy vọt về công nghệ ngân hàng, quan trọng hơn, nó còn là tác nhân làm thay đổi cơ bản hệ thống tổ chức và quản trị ngân hàng theo phương
xóa bỏ hoặc thay thế, nhiều bộ phận mới ra đời và phát triển. Đặc điểm này rất đáng lưu tâm cho các nhà hoạch định chính sách và cơ cấu lại hoạt động ngân hàng khi yếu tố kỹ thuật, công nghệ đã trở thành một phần không thể thiếu đối với hoạt động ngân hàng. Định hướng chiến lược về hiện đại hóa ngân hàng nói chung và hệ thống thanh toán nói riêng hoàn toàn chính xác, phù hợp với thông lệ quốc tế. Điều đó được minh chứng bằng các hệ thống kỹ thuật, công nghệ trong khuôn khổ dự án do WB tài trợ được xây dựng và triển khai thành công đã đưa vào hoạt động từ năm 2002 đến nay.
Hệ thống thanh toán Ngân hàng Việt Nam trong tương lai:
Trong 5 hệ thống thanh toán hiện nay, có 3 hệ thống sẽ bị triệt tiêu khi hệ thống thanh toán mới đã hoàn thiện. Hệ thống CTĐT và bù trừ tại các tỉnh, thành phố sẽ không còn tồn tại khi hệ thống TTĐTLNH giai đoạn 2 hoàn thành. Với qui mô dự án được Thủ tướng Chính Phủ phê duyệt, WB đã tài trợ 106 triệu USD khoản vốn vay ưu đãi cho 5 tiểu dự án, trong đó mở rộng tiểu dự án TTĐTLNH ra phạm vi cả nước và 4 tiểu dự án của các NHTM. Theo thiết kế ban đầu, hệ thống TTĐTLNH gồm 4 cấu phần: Thanh toán giá trị cao (quyết toán tổng tức thời), thanh toán giá trị thấp (bù trừ theo lô), cổng kết nối với hệ thống cũ và hệ thống xử lý tài khoản và quyết toán vốn. Theo đó, cấu phần thanh toán giá trị cao sẽ mở rộng và dần thay thế hệ thống CTĐT (giai đoạn 1 mới triển khai được 5 tỉnh, thành phố lớn), cấu phần thanh toán giá trị thấp sẽ thay thế hệ thống TTBT tại tỉnh, thành phố. Hệ thống CTĐT hiện nay của các NHTM cũng sẽ bị tiệt triêu khi hệ thống Corbanking tập trung hóa tài khoản đã phủ sóng tới tất cả các chi nhánh của mỗi ngân hàng. Khi đó, trong mỗi NHTM, thực hiện thanh toán giữa các chi nhánh với Hội sở chính và giữa các chi nhánh với nhau chỉ đơn giản là việc thực hiện các bút toán nội bộ trực tiếp tức thời. Như vậy, khi hoàn thành giai đoạn 2 của dự án hiện đại hóa ngân hàng và hệ thống thanh toán (kế hoạch vào 2008), về cơ bản, hệ thống
ngân hàng Việt Nam chỉ còn tồn tại hai hệ thống thanh toán (trừ những ngân hàng chưa xây dựng được hệ thống Corbanking Online vẫn phải duy trì hệ thống chuyển tiền nội bộ) là: hệ thống TTĐTLNH và hệ thống chuyển tiền quốc tế (SWIFT). Tuy nhiên, với những dịch vụ bán lẻ trong khu vực dân cư ngày càng phát triển, khối lượng thanh toán nhỏ qua ngân hàng tăng nhanh thông qua việc sử dụng các hệ thống máy tự động đầu cuối, ngân hàng sẽ có những trung tâm chuyển mạch để liên kết các thiết bị này nhằm thực hiện thanh toán giữa các ngân hàng với nhau. Những trung tâm này liên kết các thiết bị đầu cuối của các ngân hàng chỉ thực hiện các khoản thanh toán nhỏ lẻ, nó sẽ hoạt động như một vệ tinh trong hệ thống TTĐTLNH thông qua việc xử lý quyết toán vốn bù trừ giữa các thành viên. Như vậy, mô hình hệ thống thanh toán của Ngân hàng Việt Nam đã được xác định từ những năm 90 và đã triển khai thành công cách đây 5 năm, đang ngày đêm hoạt động phục cho phát triển kinh tế đất nước và đang được nâng cấp, mở rộng bằng dự án giai đoạn 2 để thay thế các hệ thống thanh toán mang tính quá độ.