Thực tế cho thấy, việc lựa chọn nguồn vốn để đáp ứng nhu cầu kinh doanh của Ngân hàng không chỉ phụ thuộc vào chi phí mà Ngân hàng phải bỏ ra để được sử dụng
nguồn vốn đó mà nó còn phụ thuộc vào các rủi ro mà nguồn vốn huy động có thể mang lại. Thường thì những nguồn vốn được huy động với chi phí thấp thì rủi ro sẽ cao và ngược lại.
Qua phân tích tình hình huy động vốn ở phần 4.1.1., ta thấy bên cạnh việc huy động hiệu quả của Ngân hàng trong 3 năm qua thì có một vấn đề cần lưu ý, đó là việc Ngân hàng huy động vốn ngắn hạn cao hơn nguồn vốn huy động trung và dài hạn rất nhiều và điều này rất dễ dẫn đến tình trạng gặp khó khăn trong vấn đề thanh khoản. Bên cạnh đó, số tiền Ngân hàng Mỹ Xuyên huy động từ các tổ chức tín dụng khác là không nhỏ; trong thời điểm luôn có sự thay đổi trong chính sách của các Ngân hàng, thời điểm Ngân hàng Nhà nước đang có những chính sách nhằm thắt chặt luồng tiền, kiềm chế lạm phát, đã có không ít ngân hàng gặp khó khăn trong vấn đề thanh khoản vì thế rất có khả năng những tổ chức tín dụng có gửi tiền tại Ngân hàng Mỹ Xuyên sẽ rút tiền ra khỏi Ngân hàng, gây khó khăn cho Ngân hàng Mỹ Xuyên trong việc chi trả.
Trên thực tế quá trình huy động vốn của Ngân hàng Mỹ Xuyên trong những năm qua kể từ những năm đầu mới hoạt động đến tận bây giờ vẫn chưa từng xảy ra tình trạng tổn thất nào về những điều được cho là rủi ro huy động vốn.
Trong năm 2007 và từ đầu năm 2008 đến nay, lãi suất tiền gửi tại các ngân hàng liên tục biến động cụ thể là liên tục tăng cao đến mức phải có sự can thiệp của Ngân hàng Nhà nước dẫn đến tình trạng có những ngân hàng có lãi suất huy động thấp khách hàng rút tiền một cách hàng loạt và “xếp hàng” để được gửi tiền vào những ngân hàng có lãi suất huy động cao hơn; từ đó dẫn đến sự biến động về lãi suất tại các ngân hàng, các ngân hàng cạnh tranh gay gắt với nhau về lãi suất để tránh những rủi ro thanh khoản.
Thế nhưng tại Ngân hàng Mỹ Xuyên, do Ban quản trị của Ngân hàng có tầm nhìn chiến lược nên đã kịp thời có những chính sách và quyết định đúng đắn và phù hợp với chủ trương của Ngân hàng Nhà nước trong bối cảnh khủng hoảng lãi suất hiện nay; cụ thể như việc kịp thời tăng lãi suất huy động, hạn chế cho vay trong thời điểm biến động… ngoài ra còn phải nói đến đội ngũ nhân viên tận tình và một lượng khách hàng không nhỏ trung thành với Ngân hàng nên tại Ngân hàng Mỹ Xuyên trong suốt quá trình hoạt động đến nay chưa từng xảy ra tình trạng tổn thất do rủi ro từ huy động vốn gây ra.
Bên cạnh đó, khi đứng trước thách thức to lớn trong việc lựa chọn các mức độ rủi ro của từng nguồn vốn thích hợp và chi phí huy động vốn hợp lý, các nhà quản trị của Ngân hàng Mỹ Xuyên đã có sự tính toán và chính sách lựa chọn phù hợp, cũng như có chiến lược nhằm cân đối tỷ lệ giữa vốn huy động và vốn chủ sở hữu cho hợp lý.